一、Genetic Diversity in Upland Cotton (Gossypium hirsutum L. ) Cultivars Based on RAPDs and SSRs（論文文獻(xiàn)綜述）
張瀟[1]（2021）在《陸地棉野生系闊葉棉產(chǎn)量和纖維品質(zhì)QTL有利等位基因鑒定》文中研究指明棉花是世界上最重要的天然纖維作物,也是重要的油料作物和蛋白作物。陸地棉是世界上種植范圍最廣泛的栽培種,生產(chǎn)了世界上95%以上的棉花。但是由于經(jīng)過(guò)人類長(zhǎng)期的人工選擇和遺傳改良中少數(shù)種質(zhì)的應(yīng)用,導(dǎo)致陸地棉種內(nèi)遺傳多樣性喪失,遺傳基礎(chǔ)越漸狹窄,優(yōu)異資源匱乏,限制高產(chǎn)、優(yōu)質(zhì)、多抗棉花新品種的培育。陸地棉野生種系是野生種與栽培種之間的中間類型,其遺傳多樣性豐富,且具有結(jié)鈴性強(qiáng)、鈴大、纖維品質(zhì)優(yōu)異等特點(diǎn)。因此,鑒定陸地棉野生系優(yōu)良等位基因可為陸地棉遺傳改良提供寶貴基因資源。本研究以陸地棉豐產(chǎn)品種中棉所35和陸地棉野生棉闊葉棉大鈴材料闊19為親本,構(gòu)建包括171個(gè)株系的[（中棉所35×闊葉棉19）×中棉所35]BC1F2:7重組自交系群體,利用SSR引物和SLAF-seq檢測(cè)的SNP標(biāo)記構(gòu)建遺傳圖譜,結(jié)合多年多點(diǎn)產(chǎn)量和纖維品質(zhì)性狀鑒定數(shù)據(jù),定位棉花產(chǎn)量和纖維品質(zhì)性狀QTL。其結(jié)果如下:1.產(chǎn)量和纖維品質(zhì)性狀分析群體產(chǎn)量和纖維品質(zhì)相關(guān)性狀在7個(gè)環(huán)境整體均呈正態(tài)分布,變異范圍較大,且呈連續(xù)分布。方差分析結(jié)果顯示棉花產(chǎn)量、纖維品質(zhì)性狀除了受基因型控制外,同時(shí)也有極顯著的環(huán)境效應(yīng)。產(chǎn)量和纖維品質(zhì)性狀間相關(guān)性分析表明:子指與衣分和馬克隆值呈極顯著負(fù)相關(guān),與其他性狀呈極顯著正相關(guān);鈴重與衣指呈極顯著正相關(guān);衣分與馬克隆值呈極顯著負(fù)相關(guān);衣指與纖維品質(zhì)性狀至少在1個(gè)環(huán)境中表現(xiàn)為正相關(guān);纖維上半部長(zhǎng)度、纖維整齊度和纖維比強(qiáng)度之間呈極顯著正相關(guān)與馬克隆值呈極顯著負(fù)相關(guān),馬克隆值與纖維伸長(zhǎng)率無(wú)關(guān);產(chǎn)量和纖維品質(zhì)性狀除了馬克隆值外都與種子相關(guān)性狀呈極顯著正相關(guān)。2.遺傳圖譜構(gòu)建利用SLAF-seq技術(shù)對(duì)重組自交系進(jìn)行高通量測(cè)序獲得的SNP標(biāo)記,以及通過(guò)親本間多態(tài)性篩選和群體標(biāo)記基因檢測(cè)獲得的SSR標(biāo)記,構(gòu)建了一張包含1771個(gè)位點(diǎn)（1728個(gè)SNP標(biāo)記和43個(gè)SSR標(biāo)記）的遺傳圖譜,圖譜遺傳距離為4259.691c M,標(biāo)記間平均遺傳距離4.815 c M,覆蓋陸地棉基因組98.75%。At亞組共有938個(gè)多態(tài)性標(biāo)記,遺傳距離為2219.086 c M,標(biāo)記間的平均距離為2.366 c M,覆蓋At亞組的98.33%;Dt染色體亞組有833個(gè)SNP標(biāo)記,遺傳距離為2040.605 c M,標(biāo)記間的平均遺傳距離為2.450 c M,覆蓋Dt亞組的96.75%。3.產(chǎn)量性狀和纖維品質(zhì)相關(guān)性狀QTL定位結(jié)合構(gòu)建的[（中棉所35×闊葉棉19）×中棉所35]BC1F2:7重組自交系群體遺傳圖譜和產(chǎn)量和纖維品質(zhì)相關(guān)性狀在6個(gè)不同環(huán)境的表型數(shù)據(jù),本研究一共定位到339個(gè)產(chǎn)量和纖維品質(zhì)相關(guān)性狀QTL。產(chǎn)量性狀有183個(gè)QTL,其中,31個(gè)子指QTL,解釋性狀表型變異6.5-21.4%;44個(gè)鈴重QTL,解釋性狀表型變異6.6-28.5%;26個(gè)衣分QTL,解釋性狀表型變異6.7-15.8%;12個(gè)衣指QTL,解釋性狀表型變異6.6-10.9%;68個(gè)QTL種子相關(guān)性狀（種子面積、種子長(zhǎng)、種子寬）,解釋性狀表型變異6.6-27.9%。纖維品質(zhì)有156個(gè)QTL,46個(gè)QTL纖維上半部長(zhǎng)度,解釋性狀表型變異6.6-35.4%;27個(gè)纖維整齊度QTL,解釋性狀表型變異6.6-17.3%;46個(gè)QTL纖維比強(qiáng)度,解釋性狀表型變異6.5-26.7%;11個(gè)馬克隆值QTL,解釋性狀表型變異6.6-21.6%;26個(gè)纖維伸長(zhǎng)率QTL,解釋性狀表型變異6.5-16.2%。4.穩(wěn)定的產(chǎn)量性狀和纖維品質(zhì)相關(guān)性狀QTL82個(gè)QTL在不同環(huán)境中重復(fù)檢測(cè)到,包括34個(gè)產(chǎn)量性狀QTL,48個(gè)纖維品質(zhì)性狀QTL。產(chǎn)量性狀中有17個(gè)子指QTL、8個(gè)鈴重QTL、8個(gè)衣分QTL,1個(gè)衣指QTL;17個(gè)QTL的有利等位基因來(lái)源闊葉棉19,17個(gè)QTL有利等位基因來(lái)源中棉所35。纖維品質(zhì)性狀QTL中有20個(gè)上半部長(zhǎng)度QTL、22個(gè)比強(qiáng)度QTL、1個(gè)馬克隆值QTL、3個(gè)整齊度QTL、2個(gè)伸長(zhǎng)率QTL;有31個(gè)QTL增效基因來(lái)源闊葉棉19,17個(gè)QTL增效基因來(lái)自中棉所35。此外,246個(gè)QTL集中分布在47個(gè)QTL簇中。這些多環(huán)境鑒定的QTL（尤其有利等位基因來(lái)源闊19的QTL）可用于陸地棉分子標(biāo)記輔助育種。
馬君睿[2]（2021）在《陸地棉與野生種系尖斑棉雜交群體產(chǎn)量及纖維品質(zhì)QTL定位》文中研究說(shuō)明棉花是天然纖維作物,是紡織業(yè)必不可少的原材料,同時(shí)棉花也是重要的油料來(lái)源作物,棉籽經(jīng)過(guò)加工生產(chǎn)可以為我們提供生活中不可或缺的優(yōu)質(zhì)植物油。陸地棉種植分布范圍廣、產(chǎn)量高,但陸地棉種內(nèi)遺傳基礎(chǔ)較為狹窄,嚴(yán)重影響棉花遺傳改良。陸地棉野生種系與栽培種陸地棉的親緣關(guān)系較近,雜交后代可育,可以直接作為育種材料;而且陸地棉野生種系具有許多優(yōu)良性狀,比如顯著的抗蟲性、抗病性、優(yōu)良的耐旱耐鹽堿能力,對(duì)拓寬陸地棉遺傳基礎(chǔ)、豐富陸地棉種植資源具有重要的意義。本研究利用陸地棉栽培品種中棉所35作為母本,陸地棉野生種系尖斑棉TX-230作為父本,構(gòu)建F2:7重組自交系群體。利用SLAF-seq技術(shù)得到的SNP標(biāo)記和SSR標(biāo)記構(gòu)建高密度遺傳連鎖圖譜,定位棉花產(chǎn)量和纖維品質(zhì)性狀QTL,為拓寬陸地棉遺傳基礎(chǔ)奠定基礎(chǔ)。主要的研究結(jié)果如下:1.產(chǎn)量及纖維品質(zhì)性狀表現(xiàn)在2019-2020年四個(gè)環(huán)境下,（中棉所35×TX-230）F2:7重組自交系群體產(chǎn)量和纖維品質(zhì)性狀呈連續(xù)分布。相關(guān)性分析表明,在全部的四個(gè)環(huán)境中,纖維整齊度、纖維伸長(zhǎng)率、纖維長(zhǎng)度、斷裂比強(qiáng)度兩兩之間都呈極顯著正相關(guān);子指與衣分均呈極顯著負(fù)相關(guān);衣分與馬克隆值呈極顯著正相關(guān);在2019海南三亞、2020新疆庫(kù)爾勒、2020新疆奎屯三個(gè)環(huán)境下,衣指分別與鈴重、百粒重、纖維長(zhǎng)度、馬克隆值均呈極顯著正相關(guān)。2.遺傳圖譜構(gòu)建利用SLAF-seq技術(shù)和SSR技術(shù)對(duì)（中棉所35×TX-230）F2:7重組自交系群體進(jìn)行全基因組標(biāo)記基因型檢測(cè),構(gòu)建的高密度遺傳圖譜包含2412個(gè)位點(diǎn)（2338個(gè)SNP位點(diǎn)和74個(gè)SSR位點(diǎn)）,總圖距4696.77 c M,標(biāo)記間的平均遺傳距離為1.95 c M。At亞組有1354個(gè)位點(diǎn),覆蓋長(zhǎng)度為2434.55 c M,標(biāo)記間平均遺傳距離為1.80 c M。Dt亞組有1058個(gè)位點(diǎn),覆蓋長(zhǎng)度為2262.25 c M,標(biāo)記間平均遺傳距離為2.14 c M。3.產(chǎn)量及纖維品質(zhì)性狀QTL定位到產(chǎn)量和纖維品質(zhì)性狀QTL共130個(gè),其中包括81個(gè)產(chǎn)量性狀QTL、49個(gè)纖維品質(zhì)QTL。4個(gè)環(huán)境下均能檢測(cè)到的QTL有6個(gè)（5個(gè)衣分QTL、1個(gè)籽指QTL）;能在3個(gè)環(huán)境下檢測(cè)到的QTL有9個(gè)（6個(gè)衣分QTL、2個(gè)衣指QTL、1個(gè)子指QTL）;能在2個(gè)環(huán)境下檢測(cè)到的QTL有28個(gè)（14個(gè)衣分QTL、4個(gè)子指QTL、5個(gè)衣指QTL、1個(gè)鈴重QTL、4個(gè)纖維長(zhǎng)度QTL）;定位到數(shù)量最多的是衣分相關(guān)QTL,共有36個(gè),數(shù)量最少的是纖維伸長(zhǎng)率相關(guān)QTL,共定位到2個(gè)。這些在3個(gè)或4個(gè)環(huán)境檢測(cè)到的穩(wěn)定QTL,可進(jìn)行下一步精細(xì)定位和圖位克隆研究。
歐云燦[3]（2021）在《陸地棉產(chǎn)量和纖維品質(zhì)性狀QTL分析》文中研究表明棉花是世界上重要的經(jīng)濟(jì)作物,也是紡織工業(yè)的重要原料之一,棉屬包括45個(gè)二倍體種和7個(gè)異源四倍體種,其中有2個(gè)四倍體栽培棉種,分別是陸地棉和海島棉。陸地棉產(chǎn)量占世界棉花總產(chǎn)量的95%以上,但陸地棉纖維品質(zhì)比海島棉差,缺乏紡高檔棉紗的品種。棉花產(chǎn)量和纖維品質(zhì)性狀之間存在負(fù)相關(guān),因此利用傳統(tǒng)的育種方法很難滿足纖維品質(zhì)與產(chǎn)量性狀同步改良。隨著生物技術(shù)的迅速發(fā)展,基因組測(cè)序技術(shù)已廣泛應(yīng)用于棉花分子育種研究中,這為陸地棉產(chǎn)量和纖維品質(zhì)性狀的遺傳改良和有利等位基因挖掘奠定了基礎(chǔ)。本研究采用SSR分子標(biāo)記技術(shù)和簡(jiǎn)化基因組測(cè)序技術(shù)（SLAF-seq）檢測(cè)（渝棉1號(hào)×N274）F2:7重組自交系（RIL）群體180個(gè)家系基因型,構(gòu)建遺傳連鎖圖譜,結(jié)合該群體產(chǎn)量和纖維品質(zhì)表型數(shù)據(jù),進(jìn)行產(chǎn)量和纖維品質(zhì)性狀有利等位基因的挖掘。主要研究結(jié)果如下:1.SSR基因型檢測(cè)本研究以陸地棉優(yōu)質(zhì)品種渝棉1號(hào)為母本,N274為父本構(gòu)建（渝棉1號(hào)×N274）F2:7重組自交系群體,利用實(shí)驗(yàn)室前期篩選的260對(duì)多態(tài)性SSR引物對(duì)RIL群體進(jìn)行基因型檢測(cè),共獲得了78個(gè)有效的SSR多態(tài)性位點(diǎn)。2.SLAF-seq基因型檢測(cè)利用SLAF-seq技術(shù)對(duì)RIL群體進(jìn)行簡(jiǎn)化基因組測(cè)序,共得到1246.78M的reads,親本平均測(cè)序深度為59.29×,子代平均測(cè)序深度為27.36×,測(cè)序結(jié)果共開發(fā)獲得354046個(gè)SLAF標(biāo)簽,其中表現(xiàn)出多態(tài)性的有8732個(gè)SLAF標(biāo)簽,多態(tài)性比例為2.47%。8732個(gè)多態(tài)性SLAF標(biāo)簽經(jīng)過(guò)多重過(guò)濾剔除,共計(jì)獲得2127個(gè)有效SNP位點(diǎn)。3.遺傳圖譜構(gòu)建利用Joinmap4.0軟件對(duì)78個(gè)SSR多態(tài)性位點(diǎn)和2127個(gè)SNP位點(diǎn)進(jìn)行遺傳連鎖分析,構(gòu)建了一張包含78個(gè)SSR標(biāo)記和2127個(gè)SNP標(biāo)記的高密度遺傳連鎖圖譜,該圖譜重組長(zhǎng)度為3195.8 c M,標(biāo)記間平均距離為1.4 5c M。其中,A亞基因組包含39個(gè)SSR標(biāo)記和1216個(gè)SNP標(biāo)記,覆蓋長(zhǎng)度為1683.65 c M,標(biāo)記間平均距離為1.34 c M;D亞基因組包含39個(gè)SSR標(biāo)記和911個(gè)SNP標(biāo)記,覆蓋長(zhǎng)度為1512.15 c M,標(biāo)記間平均距離為1.59 c M。4.產(chǎn)量及纖維品質(zhì)性狀QTL定位在遺傳連鎖圖的基礎(chǔ)上,結(jié)合2019年重慶、2019年海南、2020年新疆庫(kù)爾勒和新疆奎屯4個(gè)環(huán)境的產(chǎn)量和纖維品質(zhì)性狀表型數(shù)據(jù),利用軟件Map QTL6.0進(jìn)行QTL檢測(cè)。在4個(gè)環(huán)境中共定位到70個(gè)產(chǎn)量和纖維品質(zhì)性狀相關(guān)QTL,包括12個(gè)產(chǎn)量性狀相關(guān)QTL,58個(gè)纖維品質(zhì)性狀相關(guān)QTL。其中有46個(gè)QTL在染色體A亞組能被檢測(cè)到,有24個(gè)QTL在染色體D亞組能被檢測(cè)到。在兩個(gè)環(huán)境中均能被檢測(cè)到的有7個(gè)QTL（q SIA01、q FLA01.1、q FLD13.1、q FSA07.2、q FMA01、q FMD06和q FED07）,在三個(gè)環(huán)境中均能被檢測(cè)的到有3個(gè)QTL（q SIA07、q FLA07.2、q FMA07）。此外,有6個(gè)QTL簇集中分布在A01、A05、A07、A13、D06和D13染色體上。研究結(jié)果為棉花產(chǎn)量和纖維品質(zhì)QTL的精細(xì)定位、圖位克隆和候選基因鑒定奠定了基礎(chǔ)。
余靜文[4]（2021）在《基于全基因組重測(cè)序解析新疆海島棉遺傳變異及纖維性狀相關(guān)基因的挖掘》文中進(jìn)行了進(jìn)一步梳理海島棉（Gossypium barbadense L.）是世界上廣泛種植的栽培棉之一,因其在纖維品質(zhì)和抗病性等性狀上的突出表現(xiàn)而受到人們的廣泛關(guān)注。近年來(lái),隨著測(cè)序技術(shù)快速發(fā)展,測(cè)序成本的降低,基因組學(xué)的相關(guān)研究進(jìn)入了高通量、高精度的新時(shí)期。基于新型測(cè)序技術(shù)的海島棉高質(zhì)量基因組組裝已經(jīng)完成,而利用高通量的重測(cè)序可實(shí)現(xiàn)對(duì)海島棉群體的精細(xì)分析和基因定位,并為海島棉基因組資源的高效利用創(chuàng)造條件。新疆自治區(qū)是我國(guó)目前唯一的海島棉生產(chǎn)基地,利用分子標(biāo)記探索新疆棉區(qū)自育海島棉群體遺傳變異特點(diǎn),鑒定具有遺傳改良價(jià)值的關(guān)鍵基因?qū)铀傩陆u棉育種進(jìn)程有著重要意義。本研究對(duì)240份海島棉材料進(jìn)行了高通量重測(cè)序,構(gòu)建海島棉的高精度基因組變異圖譜,并利用鑒定的遺傳變異多態(tài)性解析該海島棉群體的結(jié)構(gòu)和連鎖不平衡特點(diǎn)。對(duì)12個(gè)重要的性狀進(jìn)行表型鑒定和全基因組關(guān)聯(lián)分析,為海島棉分子生物學(xué)研究和遺傳改良提供重要遺傳信息,主要研究?jī)?nèi)容和結(jié)果如下:1.對(duì)220份新疆自育海島棉資源和20份其它棉區(qū)的海島棉種質(zhì)資源進(jìn)行重測(cè)序。共獲得6.34 Tb的測(cè)序數(shù)據(jù)。通過(guò)與基因組的序列比對(duì)和群體變異檢測(cè),共鑒定到3632231個(gè)高質(zhì)量的單核苷酸多態(tài)性（Single nucleotide polymorphism,SNP）和221354個(gè)片段的插入缺失（Insertion-deletion,In Del）。2.利用系統(tǒng)發(fā)育分析、主成分分析（Principal components analysis,PCA）和STURUCTURE分析等方法對(duì)該群體進(jìn)行群體結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè),發(fā)現(xiàn)240個(gè)海島棉材料大致分為5個(gè)亞群,其中新疆海島棉群體大致由4個(gè)亞群組成。新疆之外,包括美國(guó)、埃及、東亞國(guó)家、我國(guó)云南和海南等地的海島棉種質(zhì)資源單獨(dú)聚類,并與新疆自育海島棉存在一定的遺傳距離。說(shuō)明新疆海島棉逐漸形成了獨(dú)具特色的海島棉資源類型。3.海島棉不同亞群間性狀表型變異豐富,特別是纖維品質(zhì)性狀。群體遺傳學(xué)發(fā)現(xiàn),不同亞群間的遺傳多樣性差異不明顯,國(guó)外海島棉種質(zhì)資源的遺傳多樣性整體水平高于新疆海島棉。連鎖不平衡（Linkage disequilibrium,LD）分析發(fā)現(xiàn),新疆海島棉種質(zhì)資源的LD水平高于陸地棉和亞洲棉,且At亞組的LD衰減距離大于Dt亞組。4.分別在兩個(gè)試驗(yàn)點(diǎn)對(duì)12個(gè)重要的棉花性狀進(jìn)行連續(xù)兩年的表型鑒定,利用統(tǒng)計(jì)分析計(jì)算性狀間的相關(guān)性以及廣義遺傳力（Broad-sense heritability,BSH）,并對(duì)表型的多樣性進(jìn)行分析。極顯著正相關(guān)的性狀有單鈴重與皮棉和籽棉產(chǎn)量、衣分與皮棉產(chǎn)量、株高與皮棉和籽棉產(chǎn)量、株高與第一果枝節(jié)位和單株鈴數(shù),以及單株鈴數(shù)與皮棉和籽棉產(chǎn)量。極顯著負(fù)相關(guān)的性狀有第一果枝節(jié)位和皮棉產(chǎn)量、衣分、單株鈴數(shù)?？傮w看來(lái),纖維品質(zhì)性狀之間的相關(guān)性強(qiáng)于產(chǎn)量性狀。BSH的變化范圍為0.17（單株鈴數(shù)）至0.57（衣分）,其中纖維品質(zhì)性狀的遺傳力水平整體來(lái)看高于產(chǎn)量性狀,可見(jiàn)纖維產(chǎn)量更易受到環(huán)境因素的影響。5.用表型數(shù)據(jù)的最優(yōu)線性無(wú)偏估計(jì)（Best linear unbiased prediction,BLUP）值與基因型數(shù)據(jù)進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)分析（Genome-wide association studies,GWAS）,基于較嚴(yán)格的閾值（p<0.05/n）共鑒定了168個(gè)顯著相關(guān)核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)（Single nucleotide polymorphism,SNP）?；诮ㄗh相關(guān)的閾值（p<1/n）共鑒定了2645個(gè)SNP。所鑒定的SNP在基因組上分布不均勻,其中D11號(hào)染色體的SNP最多,其次為A07染色體。Dt亞組的SNP數(shù)量多于At亞組。對(duì)于研究的性狀而言,鑒定到的纖維強(qiáng)度關(guān)聯(lián)信號(hào)最多,其次是衣分,而籽棉產(chǎn)量和第一果枝節(jié)位沒(méi)有鑒定到顯著的關(guān)聯(lián)信號(hào),這可能與性狀本身的復(fù)雜性和對(duì)環(huán)境因素的敏感性等因素有關(guān)。6.基于上述關(guān)聯(lián)分析結(jié)果,利用連鎖不平衡系數(shù)、基因功能注釋和RNAseq等方法篩選候選基因,并用不同纖維強(qiáng)度或衣分表型的海島棉材料進(jìn)行q PCR表達(dá)分析。鑒定出3個(gè)與纖維強(qiáng)度相關(guān)的候選基因,包括編碼酪蛋白激酶I的基因GB＿D11G34371、編碼微管相關(guān)蛋白的基因GB＿D11G3460和GB＿D11G3471;1個(gè)與衣分相關(guān)的重要候選基因GB＿A07G1034,該基因編碼一種受BRs調(diào)節(jié)的受體激酶。綜上所述,本研究利用重測(cè)序完成了海島棉群體的基因分型,解析了海島棉的群體結(jié)構(gòu)、連鎖不平衡和遺傳多樣性等特征。并對(duì)新疆海島棉12個(gè)重要的性狀進(jìn)行了GWAS分析,其中纖維強(qiáng)度和衣分性狀鑒定到了較多的穩(wěn)定關(guān)聯(lián)SNP。著重分析以上兩個(gè)性狀的關(guān)聯(lián)結(jié)果,最終篩選到了2個(gè)與纖維強(qiáng)度相關(guān)和1個(gè)與衣分相關(guān)的候選基因。為海島棉遺傳改良提供重要理論基礎(chǔ)和目的基因。
王寧[5]（2021）在《棉屬葉綠體基因組核苷酸進(jìn)化和遺傳關(guān)系研究》文中認(rèn)為棉花是世界上重要的經(jīng)濟(jì)作物和纖維作物之一,從野生棉到栽培棉經(jīng)歷了長(zhǎng)期的進(jìn)化和馴化過(guò)程。然而,棉花進(jìn)化和馴化過(guò)程中的質(zhì)體基因組變異及其遺傳關(guān)系仍然存在爭(zhēng)議。本研究收集了72個(gè)棉屬樣品母系遺傳的質(zhì)體基因組序列,對(duì)其進(jìn)行分子進(jìn)化研究。這些棉屬包括新測(cè)序的29個(gè)異源四倍體陸地棉栽培種個(gè)體、7個(gè)陸地棉半野生種以及從NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)下載的36個(gè)棉屬物種序列。基于得到的葉綠體全基因組序列,重建了棉屬物種的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系,計(jì)算了棉屬物種的分化時(shí)間以及質(zhì)體基因組核苷酸進(jìn)化速率。同時(shí),基于葉綠體基因組單核苷酸多態(tài)性（SNP）位點(diǎn),檢測(cè)了陸地棉半野生種和栽培種的遺傳多樣性、基因流以及遺傳結(jié)構(gòu)模式。主要研究結(jié)果如下:1、對(duì)72個(gè)棉屬樣品葉綠體基因組序列進(jìn)行比較分析,發(fā)現(xiàn)棉屬葉綠體基因組是一個(gè)閉合環(huán)狀的四分體結(jié)構(gòu),由四部分組成:即長(zhǎng)單拷貝區(qū)（Large single copy region,LSC）、短單拷貝區(qū)（Short single copy region,SSC）和兩個(gè)反向重復(fù)區(qū)（Inverted repeat regions,IRs）,其葉綠體基因組長(zhǎng)度在159,039-163,142 bp之間。選擇壓力分析表明,野生棉組材料中有16個(gè)基因受到正向選擇,分別是atp B,atp E,rps2,rps3,rps12,pet B,pet D,pet N,ndh G,rpo C2,rpl16,ccs A,cem A,rbc L,ycf1以及ycf2;半野生和栽培棉組中僅有一個(gè)基因位點(diǎn)（rpl2）受到正選擇,可能為馴化選擇基因?；谫|(zhì)體基因組的遺傳聚類分析結(jié)果顯示,整個(gè)棉屬物種主要由六個(gè)大的進(jìn)化分支組成,即A+AD基因組、F基因組、E基因組、D基因組、B基因組和C+G+K基因組支,這與前人的研究結(jié)果相一致。在系統(tǒng)進(jìn)化樹上,七個(gè)陸地棉半野生種和29個(gè)陸地棉栽培種樣品聚為一個(gè)大的遺傳分支,半野生種中的闊葉棉與陸地棉的親緣關(guān)系最近,證明栽培陸地棉可能起源于半野生種闊葉棉的結(jié)論。此外,A基因組與AD基因組物種聚類為一個(gè)獨(dú)立的遺傳分支,進(jìn)一步證實(shí)A基因組可能是異源四倍體AD基因組母本供體種的結(jié)論。2、利用葉綠體基因組蛋白編碼序列,結(jié)合三個(gè)化石校準(zhǔn)點(diǎn)的棉屬物種分化時(shí)間檢測(cè)結(jié)果發(fā)現(xiàn),整個(gè)棉屬大約在中新世時(shí)的9.45百萬(wàn)年前起源,B基因組（非洲）和澳大利亞分支（C+G+K基因組）之間約在7.83百萬(wàn)年前發(fā)生分化。半野生種和栽培種間的分化大約發(fā)生在更新世早期的2.74百萬(wàn)年前,而D基因組的祖先物種起源于上新世時(shí)代的5.17百萬(wàn)年前左右。異源四倍體陸地棉AD基因組進(jìn)化支約在更新世時(shí)期的2.50百萬(wàn)年前起源和分化。3、質(zhì)體基因組轉(zhuǎn)換和顛換速率檢測(cè)發(fā)現(xiàn),半野生和栽培棉組中轉(zhuǎn)換/顛換的速率比野生棉組高。同樣在野生棉組中檢測(cè)到了更快速的質(zhì)體基因組核苷酸進(jìn)化,其突變率為1.2×10–9每年每個(gè)位點(diǎn);而在半野生和栽培棉組中,其核苷酸進(jìn)化速率較低,為0.18×10–9每年每個(gè)位點(diǎn)。此外,在野生棉組物種中共鑒定到479個(gè)插入/缺失位點(diǎn)變異,其插入缺失突變的進(jìn)化速率為0.4×10–9每年每個(gè)位點(diǎn);而在半野生和栽培棉組中,共檢測(cè)到24個(gè)插入/缺失位點(diǎn)變異,其進(jìn)化速率為0.05×10–11每年每個(gè)位點(diǎn);說(shuō)明野生棉屬物種在長(zhǎng)期的自然進(jìn)化過(guò)程中,維持了更快速的進(jìn)化速率,而半野生和栽培棉花在馴化過(guò)程中,經(jīng)歷了強(qiáng)烈的人工選擇和馴化選擇。4、基于質(zhì)體基因組的陸地棉半野生種和栽培種的群體遺傳學(xué)分析發(fā)現(xiàn),半野生種中共鑒定到7個(gè)葉綠體DNA單倍型,栽培棉種中共鑒定到22個(gè)葉綠體單倍型。此外,半野生種的單倍型多樣性（Hd）和核苷酸多樣性（π）均高于栽培棉種。遺傳結(jié)構(gòu)分析結(jié)果顯示,半野生種和栽培棉種可以分別聚類為對(duì)應(yīng)于各自樣品的兩大遺傳分組。其中,半野生棉組中的闊葉棉和瑪利加郎特棉與栽培棉組發(fā)生了明顯的遺傳漸滲,進(jìn)一步證明栽培棉花物種可能起源于半野生物種闊葉棉的結(jié)論;栽培棉花物種在長(zhǎng)期的馴化過(guò)程中,經(jīng)歷了明顯的瓶頸效應(yīng),導(dǎo)致遺傳多樣性降低。基因流檢測(cè)分析發(fā)現(xiàn),在棉花栽培馴化過(guò)程中,從半野生種到栽培種的當(dāng)代基因流明顯高于歷史基因流,可能與其馴化起源過(guò)程有關(guān),導(dǎo)致了雙向不對(duì)稱的基因流。
何守樸[6]（2020）在《外源漸滲對(duì)栽培陸地棉群體分化和纖維品質(zhì)的影響》文中研究說(shuō)明種間雜交拓展了作物的遺傳多樣性并改良了關(guān)鍵性狀。栽培陸地棉（Upland cotton）是全世界最重要的經(jīng)濟(jì)作物之一,是紡織工業(yè)主要的天然纖維原料。理解外源漸滲在陸地棉生態(tài)適應(yīng)性和纖維品質(zhì)等性狀形成和改良過(guò)程中的作用,對(duì)輔助當(dāng)前陸地棉育種工作具有重要的理論指導(dǎo)意義。本研究以兩個(gè)陸地棉種質(zhì)群體為研究對(duì)象,通過(guò)系統(tǒng)地解析遺傳多樣性和群體結(jié)構(gòu)特征,結(jié)合外源漸滲片段分析和關(guān)聯(lián)分析結(jié)果,從全基因組層面揭示了外源漸滲對(duì)栽培陸地棉亞群分化和纖維品質(zhì)性狀改良的影響。主要結(jié)果如下:利用RAD-seq簡(jiǎn)化基因組測(cè)序?qū)?82份四倍體棉進(jìn)行遺傳多樣性和群體結(jié)構(gòu)分析發(fā)現(xiàn),半野生棉群體的遺傳多樣性(π=0.041×10-3)要高于栽培種群體(π=0.022×10-3)。半野生棉群體內(nèi)部基因型混雜,與先前劃分的7個(gè)地理種系并不吻合。雖然栽培陸地棉內(nèi)部遺傳多樣性整體偏低,但可以明顯劃分出2個(gè)亞群。其中亞群Group-2的品種主要來(lái)自較高緯度地區(qū),具有明顯的早熟特征。而亞群Group-1的材料則主要來(lái)自較低緯度地區(qū)。通過(guò)比較亞群之間的序列差異,發(fā)現(xiàn)Group-1和Group-2兩個(gè)亞群的分化分別是由A08和A06兩條染色體上大范圍的的單體型多樣性造成。全基因組關(guān)聯(lián)分析（genome-wide association study,GWAS）確認(rèn)了A06染色體變異區(qū)間中存在與生育期密切關(guān)聯(lián)的位點(diǎn)。因此,推測(cè)這兩條染色體的大規(guī)模變異可能與陸地棉的生態(tài)適應(yīng)性形成有關(guān)?；蛐头治霭l(fā)現(xiàn)A06和A08染色體上全部已知單體型均在半野生棉中形成,而這些單體型則可能通過(guò)兩種模式遺傳給栽培陸地棉:（1）不同的單體型獨(dú)立遺傳給不同的栽培陸地棉祖先;（2）某一種單體型遺傳給一種栽培陸地棉祖先,而其他單體型則是后期通過(guò)人為（或天然）雜交從半野生棉漸滲到栽培種中。隨著我國(guó)棉花栽培區(qū)域整體向新疆轉(zhuǎn)移,保持陸地棉栽培種內(nèi)A06和A08染色體的多態(tài)性將有利于保存陸地棉種質(zhì)廣泛的環(huán)境適應(yīng)性,同時(shí)為進(jìn)一步鑒定和克隆適應(yīng)性基因提供了理論依據(jù)。對(duì)1245份栽培陸地棉8個(gè)環(huán)境纖維品質(zhì)數(shù)據(jù)進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析,分別鑒定到4個(gè)與纖維長(zhǎng)度（FL2、FL3、FL4和FL5）、3個(gè)與纖維強(qiáng)度（FS1、FS2和FS3）和3個(gè)與纖維伸長(zhǎng)率（FE1、FE2和FE3）相關(guān)的位點(diǎn)。其中FL3和FS2,以及FL5和FS1是同時(shí)調(diào)控纖維長(zhǎng)度和纖維強(qiáng)度的一因多效位點(diǎn)（稱為FL3/FS2,FL5/FS1）。在這些位點(diǎn)中,FL3/FS2、FL4和FS3為本研究首次報(bào)道。在群體中分布頻率最高的是FL2（>75%）,FL4和FL5/FS1分布頻率均低于25%,而FL3/FS2和FS3的頻率更低（<10%）。低頻的優(yōu)異等位變異普遍對(duì)性狀有更高的改良效應(yīng),如FL3/FS2對(duì)纖維長(zhǎng)度和纖維強(qiáng)度的改良效應(yīng)達(dá)到15%,而FL2對(duì)纖維長(zhǎng)度的改良效應(yīng)僅為4.3%。該結(jié)果表明,由于絕大部分陸地棉種質(zhì)僅攜帶FL2位點(diǎn)的優(yōu)異等位變異,而改良效應(yīng)更高的FL3/FS2僅存在于少量?jī)?yōu)質(zhì)漸滲系材料中,從而導(dǎo)致陸地棉優(yōu)質(zhì)育種缺乏可利用的基因資源,造成了目前陸地棉纖維品質(zhì)的改良瓶頸。通過(guò)系統(tǒng)分析13個(gè)外源棉種在2927份陸地棉種質(zhì)資源中的漸滲事件發(fā)現(xiàn),在陸地棉中累積漸滲片段最多的3個(gè)棉種分別是四倍體海島棉（G.barbadense）、二倍體亞洲棉（G.arboreum）和瑟伯氏棉（G.thurberi）。該結(jié)果與陸地棉遠(yuǎn)緣雜交歷史記載吻合,即海島棉和源自“陸地棉-瑟伯氏棉-亞洲棉”三元雜交種的Pee Dee系列種質(zhì)可能是陸地棉纖維品質(zhì)改良關(guān)鍵的外部基因源。結(jié)合纖維品質(zhì)的全基因組關(guān)聯(lián)分析結(jié)果發(fā)現(xiàn),陸地棉纖維品質(zhì)優(yōu)異等位變異來(lái)源廣泛。其中控制纖維長(zhǎng)度的FL2和同時(shí)控制纖維長(zhǎng)度和纖維強(qiáng)度的FL5/FS1,以及控制纖維伸長(zhǎng)率的全部三個(gè)優(yōu)異等位變異（FE1、FE2和FE3）片段均直接來(lái)源自半野生棉;控制纖維長(zhǎng)度的FL4可能是一個(gè)發(fā)生在基因NAC029（A10G233100）外顯子上引入終止密碼子的單堿基突變,該突變發(fā)生在栽培陸地棉群體;而兩個(gè)具有較大纖維品質(zhì)改良效應(yīng)的優(yōu)異等位變異FL3/FS2和FS3則分別來(lái)源自亞洲棉和瑟伯氏棉漸滲。本研究還發(fā)現(xiàn),雖然栽培陸地棉基因組上存在大量的海島棉漸滲片段,但上述優(yōu)異等位變異均不是源自海島棉。推測(cè)遠(yuǎn)緣雜交導(dǎo)入了大量的海島棉片段到栽培陸地棉基因組中,然而可能僅有少量?jī)?yōu)質(zhì)纖維品種存在海島棉優(yōu)異等位變異。優(yōu)異等位變異的聚合效應(yīng)分析表明,凡是攜帶了FL3/FS2和FS3的材料纖維長(zhǎng)度和強(qiáng)度均顯著優(yōu)于其他材料。因此我們提出這兩個(gè)新鑒定到的優(yōu)異等位變異可能是突破目前陸地棉纖維品質(zhì)改良瓶頸的關(guān)鍵。然而由于遠(yuǎn)緣雜交普遍造成的連鎖累贅（linkage drag）效應(yīng),且這兩個(gè)位點(diǎn)所在的染色體區(qū)間范圍較大,導(dǎo)致攜帶這些優(yōu)異等位變異的材料在產(chǎn)量和生育期方面存在劣勢(shì)。未來(lái)不僅需要通過(guò)大群體精細(xì)定位明確這些位點(diǎn)的關(guān)鍵變異和基因（causal variations/genes）,打破不利連鎖。還需要對(duì)陸地棉其他關(guān)鍵性狀進(jìn)行深入剖析,通過(guò)整體分析目標(biāo)性狀的聚合效應(yīng),篩選出品質(zhì)、產(chǎn)量和適應(yīng)性兼顧的優(yōu)異等位變異組合用于指導(dǎo)棉花分子育種。
劉娜[7]（2020）在《利用關(guān)聯(lián)作圖解析紫斑牡丹產(chǎn)量相關(guān)性狀的等位遺傳變異》文中研究說(shuō)明牡丹原產(chǎn)于中國(guó),具有藥用、觀賞和油用價(jià)值。紫斑牡丹（Paeonia rockii）是特有的牡丹野生種之一,廣泛分布于中國(guó)中部的秦嶺及周邊地區(qū),其栽培種質(zhì)主要分布在以甘肅省為中心的西北地區(qū)。由于紫斑牡丹結(jié)實(shí)性強(qiáng)、營(yíng)養(yǎng)價(jià)值高等特性,近年來(lái)已經(jīng)發(fā)展成為珍貴的新興木本油料作物,并在我國(guó)北方地區(qū)得到了廣泛的推廣栽培。目前,如何有效提高種子產(chǎn)量已經(jīng)成為紫斑牡丹高效育種的重要方向,然而與其產(chǎn)量相關(guān)的基礎(chǔ)研究較為匱乏,并且在紫斑牡丹中與產(chǎn)量相關(guān)的功能位點(diǎn)也很少被鑒別。因此,本研究在基于下一代轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（Next-Generation Sequencing,NGS）和單分子長(zhǎng)讀長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（Single-Molecule Long-Read Sequencing,SMLRS）數(shù)據(jù)庫(kù)的轉(zhuǎn)錄因子內(nèi)SSR位點(diǎn)的開發(fā)和應(yīng)用的基礎(chǔ)上,為探索24個(gè)產(chǎn)量相關(guān)的候選數(shù)量性狀的遺傳構(gòu)架,在420個(gè)紫斑牡丹的栽培種質(zhì)中開展了產(chǎn)量性狀相關(guān)的關(guān)聯(lián)作圖研究,旨在鑒選調(diào)控產(chǎn)量性狀的重要等位變異位點(diǎn),為油用牡丹的高產(chǎn)育種提供分子基礎(chǔ)。主要研究結(jié)果如下:（1）構(gòu)建了由420個(gè)紫斑牡丹單株構(gòu)成的關(guān)聯(lián)作圖群體,并對(duì)24個(gè)候選的數(shù)量性狀進(jìn)行了調(diào)查和分析,結(jié)果表明,24個(gè)性狀在不同樣本間表型差異均極顯著（P<0.01）。通過(guò)相關(guān)性分析獲得顯著相關(guān)的組合202對(duì),極顯著相關(guān)組合182對(duì)。主成分分析將24個(gè)性狀劃分為能夠較好地解釋群體數(shù)量性狀變異的6個(gè)主成分。通過(guò)系統(tǒng)聚類分析,將參試群體樣本劃分為8類,24個(gè)性狀劃分為5類,最終確定了影響紫斑牡丹單株產(chǎn)量的4個(gè)主要指標(biāo)、15個(gè)次要指標(biāo)和5個(gè)輔助參考指標(biāo)。（2）首次在紫斑牡丹中基于NGS和SMLRS轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行了EST-SSR（Expressed Sequence Tag-Simple Sequence Repeat）位點(diǎn)的開發(fā)和應(yīng)用研究。基于已有報(bào)道篩選了959個(gè)和產(chǎn)量相關(guān)的候選轉(zhuǎn)錄因子,鑒定了166個(gè)包含六種核酸重復(fù)類型的EST-SSR位點(diǎn),平均每5.78個(gè)Unigenes含有一個(gè)SSR位點(diǎn),最終102（61.45%）對(duì)引物對(duì)在兩個(gè)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（RNA-seq）品種（‘粉面桃腮’,P.rockii‘Fen Mian Tao Sai’和‘京順?lè)邸?P.rockii‘Jing Shun Fen’）中成功進(jìn)行擴(kuò)增,其中來(lái)自諸如AP2、BHLH和HSF基因家族的58個(gè)引物對(duì)（56.86%）,在連鎖群體雜交親本（‘紅喬’,P.suffruticosa‘Hong Qiao’和‘鳳丹白’M24,P.ostii‘Feng Dan Bai’）和8個(gè)隨機(jī)抽選的紫斑牡丹樣本中表現(xiàn)出了多態(tài)性。58個(gè)位點(diǎn)在37個(gè)牡丹樣本中的PIC值范圍為0.32 to 0.91（平均0.70）,證明了高水平的多樣性。此外,58個(gè)位點(diǎn)在芍藥屬7個(gè)野生種中的轉(zhuǎn)移性為89.66%～100%,在62個(gè)芍藥屬樣本中揭示的親緣關(guān)系與已知的譜系樹相一致。（3）利用本研究新開發(fā)的轉(zhuǎn)錄因子內(nèi)58個(gè)多態(tài)性EST-SSR標(biāo)記對(duì)紫斑牡丹的作圖群體進(jìn)行遺傳多樣性評(píng)價(jià),共確定了483個(gè)等位位點(diǎn)（平均等位基因數(shù)為8）,多態(tài)信息含量（PIC）的平均值為0.514,這均表明該群體具有較高水平的遺傳多樣性。此外,通過(guò)STRUCTURE和聚類分析,揭示作圖群體的遺傳結(jié)構(gòu)均可劃分為4個(gè)亞群（K=4）。（4）通過(guò)連鎖不平衡檢測(cè)發(fā)現(xiàn),58個(gè)EST-SSR位點(diǎn)間的連鎖不平衡水平較低。利用混合線性模型（Mixture Linear Models,MLM）進(jìn)行單標(biāo)記關(guān)聯(lián)分析,共鑒定了208個(gè)顯著的關(guān)聯(lián)組合,涉及18個(gè)數(shù)量性狀和55個(gè)EST-SSR位點(diǎn),這些位點(diǎn)主要來(lái)自AP2、MYB和NAC等基因家族,并且均解釋了較小比例的表型變異。其中,鑒定了3個(gè)花部數(shù)量性狀與11個(gè)EST-SSRs相關(guān)的13個(gè)顯著關(guān)聯(lián)組合,單標(biāo)記解釋率為4.15%～25.32%（平均10.55%）;8個(gè)枝葉數(shù)量性狀與50個(gè)EST-SSRs相關(guān)的129個(gè)顯著關(guān)聯(lián)組合,單標(biāo)記解釋率為3.25%～37.45%（平均10.6%）;7個(gè)果實(shí)數(shù)量性狀與39個(gè)EST-SSRs相關(guān)的66個(gè)顯著關(guān)聯(lián)組合,單標(biāo)記解釋率為4.45%～30.52%（平均11.86%）。（5）將關(guān)聯(lián)作圖結(jié)果在連鎖群體中進(jìn)行驗(yàn)證,發(fā)現(xiàn)在兩個(gè)群體中同時(shí)出現(xiàn)的關(guān)聯(lián)組合共計(jì)2個(gè),均為與頂小葉長(zhǎng)顯著關(guān)聯(lián)的組合,且在兩個(gè)群體內(nèi)一致效應(yīng)的組合有2個(gè),P026為正效應(yīng)和PS17為負(fù)效應(yīng),并匯總了優(yōu)勢(shì)等位位點(diǎn)信息。綜上所述,本研究首次基于紫斑牡丹NGS和SMLRS獲得的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)庫(kù),鑒選出和產(chǎn)量相關(guān)的轉(zhuǎn)錄因子內(nèi)EST-SSR位點(diǎn)58個(gè),在此基礎(chǔ)上利用關(guān)聯(lián)分析方法鑒選出調(diào)控紫斑牡丹產(chǎn)量性狀的EST-SSR位點(diǎn)208個(gè),這為油用牡丹產(chǎn)量性狀的鑒選和遺傳改良提供了分子水平的參考。
朱林[8]（2020）在《基于140種植物全基因組序列的SSRs比較分析與長(zhǎng)SSRs潛在功能的初探》文中認(rèn)為簡(jiǎn)單重復(fù)序列（Simple sequence repeats,SSRs）是一種DNA重復(fù)序列,大量存在于真核生物和原核生物的基因組中。分子生物學(xué)技術(shù)與生物信息學(xué)的飛速發(fā)展使得SSRs分子標(biāo)記成為生態(tài)學(xué)應(yīng)用中最流行,用途最廣泛的標(biāo)記類型。不僅如此,SSRs在生物生長(zhǎng)發(fā)育過(guò)程及適應(yīng)性進(jìn)化等方面也起到至關(guān)重要的作用?；赟SRs的這些特性結(jié)合目前已經(jīng)發(fā)布的植物基因組數(shù)據(jù),我們針對(duì)目前測(cè)序完成的140種植物,利用比較基因組學(xué)等生物信息學(xué)方法對(duì)其基因組SSRs進(jìn)行了分析,其結(jié)果如下。1.植物基因組特征及其與SSRs特征之間的關(guān)系目前已測(cè)序完成的物種中裸子植物擁有最大的基因組（平均為16,529Mbp）,藻類植物的基因組大小差異最明顯（最大基因組是最小基因組的167倍）。蕨類植物的基因組較小,被子植物中單子葉植物基因組比雙子葉植物基因組大,雙子葉植物類群中不同科之間的基因組也存在一定差異（大小為均值比較）。使用MISA程序總共鑒定出283,867,588個(gè)SSRs。結(jié)果表明,總體而言基因組大小與SSRs的數(shù)量呈強(qiáng)正相關(guān)關(guān)系,而與SSRs的密度呈弱負(fù)相關(guān)關(guān)系。藻類植物的SSRs密度差異較大,而在被子植物中SSRs分布密度差異較小。2.不同植物類群中SSRs的分布情況植物基因組中SSRs最豐富的類型是六核苷酸重復(fù),分布最稀少的類型是十核苷酸重復(fù)。藻類植物的SSRs類型分布表現(xiàn)出與其它類別植物不同的偏好。藻類植物中僅次于六核苷酸重復(fù)的SSRs類型為三核苷酸重復(fù),其他類群植物為七核苷酸重復(fù)。而排在第三位的類型在不同科之間也存在明顯差異。我們發(fā)現(xiàn)SSRs中的GC含量和基因組中GC含量成正相關(guān)關(guān)系,僅有少數(shù)植物例外。藻類植物GC含量的大小差異最大,平均GC含量最高,其次是單子葉植物的禾本科物種。雙子葉植物、蕨類植物和苔蘚植物的GC含量均比較小,最小的豆科植物（雙子葉植物）的平均GC含量?jī)H有31.13%。通過(guò)分析GC含量和SSRs motif之間的關(guān)系,表明SSRs motif的分布偏好受GC含量的影響。一般而言,GC含量越高,SSRs中G/C豐富的motif越多,在藻類植物和禾本科植物中有明顯的此類情況。A/T豐富的motif在類型上比G/C豐富的motif多,導(dǎo)致藻類植物和禾本科植物GC含量對(duì)motif的影響不是以50%為分界線,當(dāng)它們基因組GC含量達(dá)到一定數(shù)值（小于50%）,SSRs的Top 10中G/C豐富的motif明顯增多。3.植物中長(zhǎng)SSRs的分布與潛在功能的分析通過(guò)對(duì)基因組中特別長(zhǎng)的SSRs（長(zhǎng)度≥1000bp）的分布統(tǒng)計(jì)分析發(fā)現(xiàn),雙子葉植物中長(zhǎng)SSRs分布更多。在SSRs類型中,二核苷酸重復(fù)和三核苷酸重復(fù)的數(shù)量比六核苷酸重復(fù)數(shù)量更高。另外,二核苷酸重復(fù)AG/AT/AC（包括其反向motif GA/TA/CA）和三核苷酸重復(fù)TTA/TTC（包括其變形motif TAT/ATT/TCT等）是數(shù)量最多的motif類型。對(duì)編碼區(qū)中的長(zhǎng)SSRs（長(zhǎng)度≥500bp）進(jìn)行分析發(fā)現(xiàn)其數(shù)量比在基因組中更為稀少。對(duì)其存在長(zhǎng)SSRs的蛋白質(zhì)序列分析發(fā)現(xiàn),長(zhǎng)SSRs的出現(xiàn)并未對(duì)其蛋白質(zhì)功能結(jié)構(gòu)域產(chǎn)生直接影響,但是其本身具有何種功能還待進(jìn)一步分析。并在陸地棉（Gossypium hirsutum）和馬鈴薯（Solanum tuberosum）中設(shè)計(jì)驗(yàn)證長(zhǎng)的SSRs中的潛在功能和作用。CDS序列中的長(zhǎng)SSRs會(huì)影響蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu),非三聯(lián)體motif的長(zhǎng)度對(duì)其蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)的影響要比三聯(lián)體motif更大。本研究為全面了解植物中SSRs的偏好、特性和分布與其在進(jìn)化中的潛在作用提供了有益的見(jiàn)解。
焦夢(mèng)佳[9]（2020）在《利用棉花優(yōu)質(zhì)漸滲系進(jìn)行纖維長(zhǎng)度及其相關(guān)性狀QTL的定位》文中研究指明棉花為紡織工業(yè)提供天然可再生纖維原料。隨著現(xiàn)代紡織技術(shù)的不斷推進(jìn)和人們生活質(zhì)量的提高,棉花纖維品質(zhì)改良越來(lái)越受到育種工作者的重視。纖維長(zhǎng)度是決定纖維品質(zhì)性狀的重要指標(biāo)之一,在育種選擇中備受關(guān)注。由于纖維長(zhǎng)度和主要產(chǎn)量性狀之間的連鎖累贅現(xiàn)象,利用傳統(tǒng)育種方法實(shí)現(xiàn)棉花纖維品質(zhì)與產(chǎn)量性狀的同步改良存在一定困難。隨著作物分子標(biāo)記技術(shù)和基因組學(xué)快速發(fā)展,利用分子標(biāo)記選擇輔助育種頗具潛力和應(yīng)用前景。本研究利用滲入了海島棉遺傳組分且纖維長(zhǎng)度極為突出的陸地棉Sealand（Se）和高產(chǎn)多抗的魯棉研37號(hào)（LMY37）進(jìn)行雜交,構(gòu)建F2和F2:3作圖群體,對(duì)棉花纖維長(zhǎng)度及其相關(guān)性狀進(jìn)行QTL鑒定,獲得對(duì)目標(biāo)性狀貢獻(xiàn)率較高的QTL,為下一步棉花纖維長(zhǎng)度主效QTL的精細(xì)定位和候選基因的鑒定與克隆奠定基礎(chǔ)。主要研究結(jié)果如下:1、對(duì)F2群體的6個(gè)性狀表型數(shù)據(jù)進(jìn)行正態(tài)分布檢驗(yàn),發(fā)現(xiàn)僅纖維長(zhǎng)度和斷裂比強(qiáng)度完全符合正態(tài)分布。對(duì)F2:3群體的7個(gè)性狀表型數(shù)據(jù)進(jìn)行正態(tài)分布檢驗(yàn),發(fā)現(xiàn)纖維長(zhǎng)度、斷裂比強(qiáng)度、整齊度指數(shù)、衣分和鈴重等5個(gè)性狀完全符合正態(tài)分布。對(duì)F2和F2:3群體的7個(gè)纖維性狀進(jìn)行相關(guān)性分析,結(jié)果表明,纖維長(zhǎng)度與斷裂比強(qiáng)度呈極顯著正相關(guān),與衣分呈極顯著負(fù)相關(guān);纖維強(qiáng)度與整齊度指數(shù)呈極顯著正相關(guān),與衣分呈極顯著負(fù)相關(guān);鈴重與纖維長(zhǎng)度、纖維強(qiáng)度和馬克隆值呈極顯著性正相關(guān)。2、利用10139個(gè)標(biāo)記對(duì)親本Sealand和魯棉研37號(hào)進(jìn)行標(biāo)記多態(tài)性篩選,共獲得366個(gè)多態(tài)性標(biāo)記,多態(tài)率約為3.61%。利用336個(gè)多態(tài)性標(biāo)記對(duì)F2群體進(jìn)行基因分型,其中2個(gè)標(biāo)記在群體擴(kuò)增結(jié)果中產(chǎn)生了2個(gè)多態(tài)性位點(diǎn),1個(gè)標(biāo)記在群體擴(kuò)增結(jié)果中產(chǎn)生了3個(gè)多態(tài)性位點(diǎn)。利用F2群體的基因型數(shù)據(jù)構(gòu)建了一個(gè)含305個(gè)標(biāo)記位點(diǎn)的遺傳連鎖圖譜,圖距總長(zhǎng)度為2663.66 cM,約占陸地棉基因組的59.86%,平均每條染色體約11.73個(gè)標(biāo)記位點(diǎn),每條染色體上包含342個(gè)標(biāo)記位點(diǎn)不等,每?jī)蓚€(gè)標(biāo)記位點(diǎn)之間的平均圖距為8.76cM,每條染色體平均長(zhǎng)度約102.45 cM。3、基于遺傳連鎖圖譜,采用WinQTLCart 2.5軟件對(duì)纖維長(zhǎng)度和其他纖維相關(guān)性狀進(jìn)行QTL定位,共鑒定到26個(gè)QTLs,其中5個(gè)QTLs在F2和F2:3群體中均可檢測(cè)到,9個(gè)QTLs與纖維長(zhǎng)度相關(guān),解釋表型變異率為3.87%10.75%,分布在4條染色體上（Chr.A07、Chr.A12、Chr.A13和Chr.D06）。另外還鑒定到7個(gè)與斷裂比強(qiáng)度相關(guān)的QTLs,解釋表型變異率為3.98%25.76%;2個(gè)與馬克隆值相關(guān)的QTLs,解釋表型變異率為7.03%11.93%;5個(gè)與衣分相關(guān)的QTLs,解釋表型變異率為4.59%16.28%;3個(gè)與鈴重相關(guān)的QTLs,解釋表型變異率為4.68%8.41%。在這26個(gè)QTLs中,18個(gè)QTLs的增效基因來(lái)源于優(yōu)異纖維種質(zhì)Sealand（其中9個(gè)QTLs與纖維長(zhǎng)度相關(guān),7個(gè)QTLs與斷裂比強(qiáng)度相關(guān),2個(gè)QTLs與鈴重相關(guān)）,8個(gè)QTLs的增效基因來(lái)源于高產(chǎn)多抗的陸地棉親本魯棉研37號(hào)（2個(gè)QTLs與馬克隆值相關(guān),5個(gè)QTLs與衣分相關(guān),1個(gè)QTL與鈴重相關(guān)）。4、本研究共鑒定到3個(gè)QTL簇,即C7-cluster、C12-cluster和C25-cluster,這些QTL簇共包括9個(gè)QTLs,分布在3條染色體上（Chr.A07、Chr.A12和Chr.D06）,其中與纖維長(zhǎng)度相關(guān)的QTL有3個(gè),與斷裂比強(qiáng)度相關(guān)的QTL有3個(gè),與馬克隆值、衣分和鈴重相關(guān)的QTL各1個(gè)。C25-cluster僅與纖維品質(zhì)性狀相關(guān),C7-cluster和C12-cluster既與纖維品質(zhì)性狀相關(guān),又與產(chǎn)量性狀相關(guān)。通過(guò)生物信息學(xué)分析,初步鑒定了兩個(gè)可能與纖維發(fā)育相關(guān)的基因:GhD06G0142和GhD06G0145。
賈永斌[10]（2020）在《海島棉產(chǎn)量、纖維品質(zhì)性狀QTL有利等位基因鑒定》文中提出棉花是我國(guó)重要的經(jīng)濟(jì)作物,也是主要的天然纖維作物,分布較為廣泛。在生活水平的提高以及紡織工藝不斷提升的推動(dòng)下,對(duì)棉纖維的需求量和品質(zhì)也提出了更高的要求。陸地棉具有單產(chǎn)高、適應(yīng)性強(qiáng)等特點(diǎn),是目前全球種植最為廣泛的栽培種,占世界棉花產(chǎn)量的95%。海島棉纖維品質(zhì)優(yōu)異,其長(zhǎng)度、細(xì)度、強(qiáng)度都較為優(yōu)良,但其纖維產(chǎn)量不高。通過(guò)將海島棉的優(yōu)異基因?qū)腙懙孛?擴(kuò)大其遺傳基礎(chǔ),對(duì)陸地棉產(chǎn)量和纖維品質(zhì)等農(nóng)藝性狀進(jìn)行改良。本研究以海島棉C084-220與陸地棉中35為親本材料,構(gòu)建了由523個(gè)單株組成的海島棉代換系材料。在實(shí)驗(yàn)室前期構(gòu)建的遺傳圖譜D亞組上選取SSR標(biāo)記對(duì)單株基因型進(jìn)行檢測(cè),并對(duì)BC3F2群體、BC3F2:3家系、BC3F2:4家系和BC3F2:5家系的產(chǎn)量、品質(zhì)性狀進(jìn)行鑒定。將實(shí)驗(yàn)室前期的A亞組基因型檢測(cè)數(shù)據(jù)與本研究中的D亞組數(shù)據(jù)相結(jié)合,根據(jù)四個(gè)群體相關(guān)性狀表型數(shù)據(jù),對(duì)海島棉產(chǎn)量、纖維品質(zhì)性狀QTL有利等位基因進(jìn)行鑒定。主要研究結(jié)果如下:1.D亞組染色體片段代換系各單株分析根據(jù)BC3F2群體基因型檢測(cè)結(jié)果,使用GGT軟件對(duì)各單株代換片段進(jìn)行分析,結(jié)果顯示:各單株平均恢復(fù)率86.08%,背景恢復(fù)率位于54.60%～97.80%之間,背景恢復(fù)率達(dá)到80%以上的單株占BC3F2群體單株總數(shù)的83.2%。代換片段總長(zhǎng)度10.95cM～826.91cM,平均總長(zhǎng)度246.45cM,平均代換率13.50%。523個(gè)單株全部含有代換片段,各單株代換片段位于2～41之間,平均代換片段數(shù)19.64個(gè)。2.D亞組染色體片段代換系各染色體分析代換系中各染色體平均背景恢復(fù)率為86.2%,背景恢復(fù)率位于81.2%～90.9%之間,第19染色體含陸地棉片段最長(zhǎng)為179.0cM,第18染色體含陸地棉片段最短為79.8cM。代換系中各染色體含海島棉純合片段位于2.8cM～9.9cM之間,其中第21染色體含純合片段最長(zhǎng),第22染色體含純合片段最短,海島棉純合片段比率位于2.1%～4.9%之間,平均代換率3.5%。代換系中各染色體含海島棉雜合片段位于9.5cM～26.7cM之間,其中第21染色體含雜合片段最長(zhǎng),第26染色體含雜合片段最短,導(dǎo)入海島棉雜合片段比率位于6.8%～13.2%之間,平均代換率10.0%。代換系中各染色體含有海島棉總片段位于12.8cM～36.6cM之間,其中第21染色體導(dǎo)入總片段最長(zhǎng),第26染色體導(dǎo)入總片段最短,導(dǎo)入海島棉總片段比率位于9.2%～18.1%之間,平均代換率13.4%。3.產(chǎn)量、纖維品質(zhì)QTL定位分析本研究在BC3F2群體單株、BC3F2:3家系、BC3F2:4家系和BC3F2:5家系中,共檢測(cè)到126個(gè)QTL。其中49個(gè)產(chǎn)量性狀QTL（32個(gè)衣分QTL,17個(gè)子指QTL）,77個(gè)纖維品質(zhì)性狀QTL（20個(gè)纖維長(zhǎng)度QTL,10個(gè)纖維整齊度QTL,16個(gè)纖維比強(qiáng)度QTL,12個(gè)馬克隆值QTL,19個(gè)伸長(zhǎng)率QTL）,LOD值位于2.0～25.9之間,解釋表型變異位于1.8%～21.2%之間。共有24個(gè)QTL在多個(gè)環(huán)境中被檢測(cè)到。有利等位基因源于C084-220的QTL有50個(gè),有利等位基因源于中棉所35的QTL有76個(gè)。4.QTL簇分析本研究在10條染色體上共鑒定出14個(gè)QTL簇,其中5個(gè)分布于A亞組,9個(gè)分布于D亞組。在第8染色體檢測(cè)到3個(gè)QTL簇,在第14與21染色體上分別檢測(cè)到2個(gè)QTL簇,其余染色體各檢測(cè)到1個(gè)QTL簇。這些QTL簇中,共包含48個(gè)QTL,其中有12個(gè)QTL在多個(gè)環(huán)境中穩(wěn)定存在。
二、Genetic Diversity in Upland Cotton (Gossypium hirsutum L. ) Cultivars Based on RAPDs and SSRs（論文開題報(bào)告）
（1）論文研究背景及目的
此處內(nèi)容要求：
首先簡(jiǎn)單簡(jiǎn)介論文所研究問(wèn)題的基本概念和背景，再而簡(jiǎn)單明了地指出論文所要研究解決的具體問(wèn)題，并提出你的論文準(zhǔn)備的觀點(diǎn)或解決方法。
寫法范例：
本文主要提出一款精簡(jiǎn)64位RISC處理器存儲(chǔ)管理單元結(jié)構(gòu)并詳細(xì)分析其設(shè)計(jì)過(guò)程。在該MMU結(jié)構(gòu)中,TLB采用叁個(gè)分離的TLB,TLB采用基于內(nèi)容查找的相聯(lián)存儲(chǔ)器并行查找,支持粗粒度為64KB和細(xì)粒度為4KB兩種頁(yè)面大小,采用多級(jí)分層頁(yè)表結(jié)構(gòu)映射地址空間,并詳細(xì)論述了四級(jí)頁(yè)表轉(zhuǎn)換過(guò)程,TLB結(jié)構(gòu)組織等。該MMU結(jié)構(gòu)將作為該處理器存儲(chǔ)系統(tǒng)實(shí)現(xiàn)的一個(gè)重要組成部分。
（2）本文研究方法
調(diào)查法：該方法是有目的、有系統(tǒng)的搜集有關(guān)研究對(duì)象的具體信息。
觀察法：用自己的感官和輔助工具直接觀察研究對(duì)象從而得到有關(guān)信息。
實(shí)驗(yàn)法：通過(guò)主支變革、控制研究對(duì)象來(lái)發(fā)現(xiàn)與確認(rèn)事物間的因果關(guān)系。
文獻(xiàn)研究法：通過(guò)調(diào)查文獻(xiàn)來(lái)獲得資料，從而全面的、正確的了解掌握研究方法。
實(shí)證研究法：依據(jù)現(xiàn)有的科學(xué)理論和實(shí)踐的需要提出設(shè)計(jì)。
定性分析法：對(duì)研究對(duì)象進(jìn)行“質(zhì)”的方面的研究，這個(gè)方法需要計(jì)算的數(shù)據(jù)較少。
定量分析法：通過(guò)具體的數(shù)字，使人們對(duì)研究對(duì)象的認(rèn)識(shí)進(jìn)一步精確化。
跨學(xué)科研究法：運(yùn)用多學(xué)科的理論、方法和成果從整體上對(duì)某一課題進(jìn)行研究。
功能分析法：這是社會(huì)科學(xué)用來(lái)分析社會(huì)現(xiàn)象的一種方法，從某一功能出發(fā)研究多個(gè)方面的影響。
模擬法：通過(guò)創(chuàng)設(shè)一個(gè)與原型相似的模型來(lái)間接研究原型某種特性的一種形容方法。
三、Genetic Diversity in Upland Cotton (Gossypium hirsutum L. ) Cultivars Based on RAPDs and SSRs（論文提綱范文）
（1）陸地棉野生系闊葉棉產(chǎn)量和纖維品質(zhì)QTL有利等位基因鑒定（論文提綱范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 文獻(xiàn)綜述 |
| 1.1 棉屬的分類、進(jìn)化、種質(zhì)資源 |
| 1.1.1 棉屬的分類 |
| 1.1.2 棉屬的進(jìn)化 |
| 1.1.3 棉屬種質(zhì)資源 |
| 1.1.4 闊葉棉性狀特征 |
| 1.2 遺傳圖譜構(gòu)建和QTL定位 |
| 1.2.1 DNA分子標(biāo)記 |
| 1.2.2 遺傳圖譜構(gòu)建 |
| 1.2.3 簡(jiǎn)化基因組測(cè)序 |
| 1.2.4 SLAF-seq技術(shù)在遺傳圖譜中的應(yīng)用 |
| 1.3 棉花QTL定位 |
| 1.3.1 QTL定位的原理及方法 |
| 1.3.2 半野生棉QTL定位研究進(jìn)展 |
| 第2章 引言 |
| 2.1 研究目的與意義 |
| 2.2 技術(shù)路線 |
| 第3章 試驗(yàn)材料與方法 |
| 3.1 試驗(yàn)材料 |
| 3.2 試驗(yàn)器材 |
| 3.3 試驗(yàn)過(guò)程 |
| 3.3.1 全基因組DNA提取 |
| 3.3.2 PCR擴(kuò)增體系及反應(yīng)體系 |
| 3.3.3 PCR擴(kuò)增產(chǎn)物檢測(cè) |
| 3.4 SSR標(biāo)記和SLAF-seq技術(shù) |
| 3.4.1 多態(tài)性引物篩選與群體基因型檢測(cè) |
| 3.4.2 SLAF-seq技術(shù) |
| 3.5 遺傳圖譜構(gòu)建及QTL定位 |
| 3.5.1 遺傳圖譜構(gòu)建 |
| 3.5.2 棉花纖維產(chǎn)量和纖維品質(zhì)QTL定位 |
| 第4章 結(jié)果與分析 |
| 4.1 產(chǎn)量和纖維品質(zhì)性狀分析 |
| 4.2 遺傳圖譜構(gòu)建 |
| 4.2.1 SSR引物篩選及SLAF-seq測(cè)序 |
| 4.2.2 遺傳圖譜構(gòu)建 |
| 4.3 產(chǎn)量性狀QTL定位 |
| 4.3.1 子指QTL |
| 4.3.2 鈴重QTL |
| 4.3.3 衣分QTL |
| 4.3.4 衣指QTL |
| 4.3.5 種子相關(guān)性狀QTL |
| 4.4 纖維品質(zhì)相關(guān)性狀QTL定位 |
| 4.4.1 纖維上半部長(zhǎng)度QTL |
| 4.4.2 纖維整齊度QTL |
| 4.4.3 纖維比強(qiáng)度QTL |
| 4.4.4 馬克隆QTL |
| 4.4.5 纖維伸長(zhǎng)率QTL |
| 4.5 產(chǎn)量及纖維品質(zhì)性狀QTL簇 |
| 第5章 討論 |
| 5.1 遺傳圖譜作圖親本的選擇及群體的類別 |
| 5.2 SLAF-seq技術(shù)的應(yīng)用 |
| 5.3 穩(wěn)定QTL及有利等位基因來(lái)源 |
| 5.4 產(chǎn)量和纖維品質(zhì)性狀QTL簇 |
| 第6章 結(jié)論 |
| 6.1 多態(tài)性SSR標(biāo)記和SNP標(biāo)記 |
| 6.2 遺傳圖譜構(gòu)建 |
| 6.3 產(chǎn)量和纖維品質(zhì)性狀QTL |
| 參考文獻(xiàn) |
| 致謝 |
| 發(fā)表論文情況 |
（2）陸地棉與野生種系尖斑棉雜交群體產(chǎn)量及纖維品質(zhì)QTL定位（論文提綱范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第1章 文獻(xiàn)綜述 |
| 1.1 棉屬的分類 |
| 1.1.1 近代棉屬的分類 |
| 1.1.2 現(xiàn)代棉屬的分類 |
| 1.1.3 棉屬的分類進(jìn)展 |
| 1.1.4 棉屬栽培種 |
| 1.2 棉花種質(zhì)資源 |
| 1.2.1 野生棉種的特征性狀及研究進(jìn)展 |
| 1.2.2 陸地棉野生棉種系的特征性狀及研究進(jìn)展 |
| 1.3 遺傳圖譜構(gòu)建 |
| 1.4 簡(jiǎn)化基因組測(cè)序技術(shù) |
| 1.4.1 簡(jiǎn)化基因組測(cè)序技術(shù)種類及比較 |
| 1.4.2 SLAF-seq技術(shù)的原理 |
| 1.4.3 SLAF-seq測(cè)序技術(shù)的研究進(jìn)展 |
| 1.5 棉花QTL定位 |
| 1.5.1 QTL定位原理 |
| 1.5.2 棉花纖維品質(zhì)性狀QTL定位研究進(jìn)展 |
| 1.5.3 棉花產(chǎn)量性狀QTL定位研究進(jìn)展 |
| 1.5.4 陸地棉野生種系尖斑棉QTL定位研究進(jìn)展 |
| 第2章 引言 |
| 2.1 研究背景 |
| 2.2 研究?jī)?nèi)容與技術(shù)路線 |
| 第3章 材料與方法 |
| 3.1 研究材料 |
| 3.2 試驗(yàn)儀器與試劑 |
| 3.3 棉花DNA提取 |
| 3.3.1 DNA提取步驟 |
| 3.3.2 DNA提取試劑配制 |
| 3.4 SSR標(biāo)記 |
| 3.4.1 擴(kuò)增引物來(lái)源 |
| 3.4.2 PCR擴(kuò)增反應(yīng)體系及程序 |
| 3.4.3 擴(kuò)增產(chǎn)物檢測(cè) |
| 3.5 SLAF-seq測(cè)序 |
| 3.5.1 SLAF-seq測(cè)序流程 |
| 3.5.2 SNP數(shù)據(jù)分析 |
| 3.6 數(shù)據(jù)分析 |
| 3.6.1 表型性狀統(tǒng)計(jì)分析 |
| 3.6.2 群體基因型SSR標(biāo)記檢測(cè) |
| 3.6.3 遺傳圖譜構(gòu)建 |
| 3.6.4 產(chǎn)量和纖維品質(zhì)QTL定位 |
| 第4章 結(jié)果與分析 |
| 4.1 重組自交系群體產(chǎn)量及纖維品質(zhì)性狀表現(xiàn) |
| 4.2 產(chǎn)量和纖維品質(zhì)性狀的方差分析 |
| 4.3 產(chǎn)量和纖維品質(zhì)性狀的相關(guān)性分析 |
| 4.4 陸地棉高密度遺傳圖譜構(gòu)建 |
| 4.4.1 SSR多態(tài)性引物檢測(cè)群體基因型和SLAF-seq測(cè)序檢測(cè)群體基因型 |
| 4.4.2 遺傳圖譜構(gòu)建 |
| 4.5 產(chǎn)量和纖維品質(zhì)相關(guān)的QTL檢測(cè) |
| 4.5.1 產(chǎn)量性狀相關(guān)QTL |
| 4.5.2 纖維品質(zhì)性狀相關(guān)QTL |
| 4.6 QTL簇分析 |
| 第5章 討論 |
| 5.1 重組自交系群體特性及親本材料選擇 |
| 5.2 SLAF-seq測(cè)序構(gòu)建遺傳圖譜的優(yōu)勢(shì) |
| 5.3 有利等位基因來(lái)源 |
| 5.4 QTL簇 |
| 第6章 結(jié)論 |
| 6.1 高密度遺傳圖譜 |
| 6.2 產(chǎn)量及纖維品質(zhì)性狀QTL定位 |
| 6.3 QTL簇 |
| 參考文獻(xiàn) |
| 致謝 |
| 在校期間發(fā)表的論文 |
（3）陸地棉產(chǎn)量和纖維品質(zhì)性狀QTL分析（論文提綱范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 文獻(xiàn)綜述 |
| 1.1 棉屬的進(jìn)化與分類 |
| 1.2 棉纖維的發(fā)育 |
| 1.2.1 起始階段 |
| 1.2.2 伸長(zhǎng)階段 |
| 1.2.3 次生細(xì)胞壁合成階段 |
| 1.2.4 脫水成熟階段 |
| 1.3 棉花纖維品質(zhì)和產(chǎn)量的影響因素 |
| 1.3.1 棉花纖維品質(zhì)研究指標(biāo) |
| 1.3.2 棉花纖維品質(zhì)的影響因素 |
| 1.3.3 棉花產(chǎn)量構(gòu)成因素 |
| 1.3.4 棉花產(chǎn)量的影響因素 |
| 1.4 產(chǎn)量和纖維品質(zhì)性狀的同步改良 |
| 1.5 分子標(biāo)記類型與特點(diǎn) |
| 1.5.1 簡(jiǎn)單重復(fù)序列多態(tài)性標(biāo)記SSR及其應(yīng)用 |
| 1.5.2 單核苷酸多態(tài)性標(biāo)記SNP及其應(yīng)用 |
| 1.6 作圖群體 |
| 1.7 棉花遺傳連鎖圖譜 |
| 1.7.1 種間遺傳圖譜 |
| 1.7.2 種內(nèi)遺傳圖譜 |
| 1.8 產(chǎn)量和纖維品質(zhì)性狀QTL定位研究進(jìn)展 |
| 第2章 引言 |
| 2.1 研究背景 |
| 2.2 研究?jī)?nèi)容與技術(shù)路線 |
| 第3章 材料與方法 |
| 3.1 研究材料 |
| 3.2 實(shí)驗(yàn)儀器設(shè)備 |
| 3.3 DNA的提取 |
| 3.3.1 提取試劑 |
| 3.3.2 葉片的采取 |
| 3.4 SSR分子標(biāo)記技術(shù) |
| 3.4.1 PCR擴(kuò)增體系和反應(yīng)程序 |
| 3.4.2 PCR擴(kuò)增產(chǎn)物的檢測(cè) |
| 3.4.3 聚丙烯酰胺凝膠電泳實(shí)驗(yàn)步驟 |
| 3.4.4 基因型分型的統(tǒng)計(jì) |
| 3.5 SLAF-seq技術(shù) |
| 3.6 表型分析及QTL檢測(cè) |
| 3.6.1 產(chǎn)量和纖維品質(zhì)性狀檢測(cè) |
| 3.6.2 表型性狀分析 |
| 3.6.3 產(chǎn)量及纖維品質(zhì)性狀QTL定位 |
| 第4章 結(jié)果與分析 |
| 4.1 遺傳圖譜構(gòu)建 |
| 4.1.1 SSR標(biāo)記基因型分型 |
| 4.1.2 SNP標(biāo)記基因型分型 |
| 4.1.3 陸地棉遺傳圖譜構(gòu)建 |
| 4.2 RIL群體產(chǎn)量和纖維品質(zhì)性狀統(tǒng)計(jì)分析 |
| 4.2.1 群體產(chǎn)量性狀表現(xiàn) |
| 4.2.2 群體纖維品質(zhì)性狀表現(xiàn) |
| 4.2.3 群體纖維品質(zhì)和產(chǎn)量性狀的相關(guān)性分析 |
| 4.2.4 群體纖維品質(zhì)和產(chǎn)量性狀的方差分析 |
| 4.3 產(chǎn)量和纖維品質(zhì)性狀QTL初步定位 |
| 4.3.1 產(chǎn)量性狀QTL初步定位 |
| 4.3.1.1 籽指QTL分析 |
| 4.3.1.2 鈴重QTL分析 |
| 4.3.1.3 衣分QTL分析 |
| 4.3.2 纖維品質(zhì)性狀QTL初步定位 |
| 4.3.2.1 纖維長(zhǎng)度QTL分析 |
| 4.3.2.2 纖維整齊度QTL分析 |
| 4.3.2.3 纖維比強(qiáng)度QTL分析 |
| 4.3.2.4 纖維馬克隆QTL分析 |
| 4.3.2.5 纖維伸長(zhǎng)率QTL分析 |
| 4.4 產(chǎn)量和纖維品質(zhì)性狀QTL簇分析 |
| 第五章 討論 |
| 5.1 作圖親本與群體 |
| 5.2 遺傳連鎖圖譜 |
| 5.3 產(chǎn)量和纖維品質(zhì)性狀QTL簇分析 |
| 5.4 有利等位基因的來(lái)源 |
| 5.5 穩(wěn)定QTL和共同QTL |
| 第6章 結(jié)論 |
| 6.1 重組自交系群體構(gòu)建 |
| 6.2 遺傳連鎖圖譜構(gòu)建 |
| 6.3 產(chǎn)量和纖維品質(zhì)性狀QTL初步定位 |
| 6.4 穩(wěn)定QTL和共同QTL |
| 參考文獻(xiàn) |
| 致謝 |
| 在校期間發(fā)表的論文 |
（4）基于全基因組重測(cè)序解析新疆海島棉遺傳變異及纖維性狀相關(guān)基因的挖掘（論文提綱范文）
| 致謝 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 縮略詞表 |
| 1 文獻(xiàn)綜述 |
| 1.1 棉花種質(zhì)資源概況 |
| 1.1.1 海島棉起源與分類 |
| 1.1.2 海島棉遺傳多樣性研究進(jìn)展 |
| 1.1.3 新疆海島棉育種進(jìn)程 |
| 1.2 海島棉種質(zhì)資源的利用 |
| 1.2.1 種間雜種優(yōu)勢(shì)利用 |
| 1.2.2 海島棉與陸地棉種間漸滲作用 |
| 1.3 全基因組關(guān)聯(lián)分析 |
| 1.3.1 全基因組關(guān)聯(lián)分析原理與流程 |
| 1.3.2 棉花基因組測(cè)序研究進(jìn)展 |
| 1.3.3 海島棉群體遺傳圖譜的構(gòu)建 |
| 1.3.4 海島棉全基因組關(guān)聯(lián)分析研究進(jìn)展 |
| 1.3.5 全基因組關(guān)聯(lián)分析的擴(kuò)展 |
| 1.4 本研究的目的和意義 |
| 2 研究報(bào)告 |
| 2.1 試驗(yàn)材料 |
| 2.2 試驗(yàn)方法 |
| 2.2.1 田間試驗(yàn) |
| 2.2.2 表型鑒定與分析 |
| 2.2.3 文庫(kù)構(gòu)建和測(cè)序 |
| 2.2.4 序列質(zhì)量檢測(cè)和過(guò)濾 |
| 2.2.5 基因分型 |
| 2.2.6 群體結(jié)構(gòu)分析 |
| 2.2.7 LD和群體遺傳多樣性分析 |
| 2.2.8 群體受選擇分析 |
| 2.2.9 全基因組關(guān)聯(lián)分析 |
| 2.2.10 候選基因的鑒定 |
| 2.2.11 表達(dá)分析 |
| 2.3 結(jié)果與分析 |
| 2.3.1 SNP和 In Del的鑒定 |
| 2.3.2 群體結(jié)構(gòu)特點(diǎn) |
| 2.3.3 連鎖不平衡和遺傳多樣性分析 |
| 2.3.4 選擇區(qū)域鑒定 |
| 2.3.5 關(guān)聯(lián)群體的表型變異 |
| 2.3.6 全基因組關(guān)聯(lián)分析 |
| 2.3.7 纖維強(qiáng)度相關(guān)候選基因的鑒定和表達(dá) |
| 2.3.8 衣分相關(guān)候選基因的鑒定和表達(dá) |
| 2.4 討論 |
| 2.4.1 基于重測(cè)序的海島棉基因分型 |
| 2.4.2 獨(dú)特的新疆自育海島棉種質(zhì)資源 |
| 2.4.3 不同性狀關(guān)聯(lián)位點(diǎn)的鑒定 |
| 2.4.4 棉花纖維性狀相關(guān)候選基因 |
| 2.4.5 展望 |
| 2.5 結(jié)論 |
| 參考文獻(xiàn) |
| 附表 |
（5）棉屬葉綠體基因組核苷酸進(jìn)化和遺傳關(guān)系研究（論文提綱范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 緒論 |
| 1.1 棉屬物種研究概況 |
| 1.2 質(zhì)體基因組進(jìn)化與系統(tǒng)發(fā)育 |
| 1.2.1 葉綠體基因組學(xué) |
| 1.2.2 系統(tǒng)發(fā)育學(xué) |
| 1.2.3 分子進(jìn)化 |
| 1.3 群體遺傳學(xué) |
| 1.3.1 遺傳多樣性 |
| 1.3.2 遺傳結(jié)構(gòu)與基因流 |
| 1.4 棉花馴化研究現(xiàn)狀 |
| 1.5 研究目的與意義 |
| 1.6 擬解決的科學(xué)問(wèn)題 |
| 第二章 棉屬質(zhì)體基因組進(jìn)化與馴化選擇研究 |
| 2.1 材料與方法 |
| 2.1.1 植物材料和DNA提取 |
| 2.1.2 棉花葉綠體DNA文庫(kù)構(gòu)建及測(cè)序 |
| 2.1.3 葉綠體基因組組裝及注釋 |
| 2.1.4 遺傳關(guān)系分析 |
| 2.1.5 分化時(shí)間估計(jì) |
| 2.1.6 核苷酸替換分析 |
| 2.1.7 進(jìn)化速率估計(jì) |
| 2.1.8 選擇壓力分析 |
| 2.2 結(jié)果與分析 |
| 2.2.1 棉屬葉綠體基因內(nèi)容和基因順序 |
| 2.2.2 進(jìn)化關(guān)系 |
| 2.2.3 分化時(shí)間估計(jì) |
| 2.2.4 核苷酸替換 |
| 2.2.5 進(jìn)化速率估計(jì) |
| 2.2.6 選擇壓力 |
| 2.3 討論 |
| 2.3.1 棉屬進(jìn)化關(guān)系 |
| 2.3.2 分化時(shí)間估計(jì) |
| 2.3.3 核苷酸序列進(jìn)化 |
| 2.3.4 進(jìn)化速率 |
| 2.3.5 適應(yīng)性選擇 |
| 第三章 棉屬質(zhì)體基因組群體遺傳學(xué)研究 |
| 3.1 材料與方法 |
| 3.1.1 遺傳多樣性分析 |
| 3.1.2 遺傳結(jié)構(gòu)分析 |
| 3.1.3 基因流 |
| 3.2 結(jié)果與分析 |
| 3.2.1 遺傳多樣性分析 |
| 3.2.2 遺傳結(jié)構(gòu)分析 |
| 3.2.3 歷史基因流與當(dāng)代基因流 |
| 3.3 討論 |
| 3.3.1 遺傳多樣性 |
| 3.3.2 遺傳結(jié)構(gòu) |
| 3.3.3 遺傳漸滲 |
| 結(jié)論與展望 |
| 參考文獻(xiàn) |
| 附錄 |
| 攻讀碩士期間取得的科研成果 |
| 致謝 |
（6）外源漸滲對(duì)栽培陸地棉群體分化和纖維品質(zhì)的影響（論文提綱范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 縮略詞表 |
| 1 文獻(xiàn)綜述 |
| 1.1 研究問(wèn)題的由來(lái) |
| 1.2 棉屬的分類和起源 |
| 1.3 陸地棉的馴化和育種 |
| 1.3.1 栽培陸地棉的起源與馴化 |
| 1.3.2 中國(guó)陸地棉的引種與育種 |
| 1.4 陸地棉遺傳多樣性、群體分化及其生物學(xué)意義 |
| 1.4.1 陸地棉遺傳多樣性和群體分化 |
| 1.4.2 染色體倒位和生態(tài)適應(yīng)性 |
| 1.5 棉屬各種的育種潛力和利用 |
| 1.5.1 棉屬各種的育種潛力 |
| 1.5.2 棉屬種間雜交育種的研究進(jìn)展 |
| 1.5.3 棉屬種間雜交漸滲系的相關(guān)基礎(chǔ)研究進(jìn)展 |
| 1.6 陸地棉纖維品質(zhì)QTL的研究進(jìn)展、局限性及對(duì)策 |
| 1.6.1 我國(guó)陸地棉纖維品質(zhì)現(xiàn)狀 |
| 1.6.2 陸地棉纖維品質(zhì)分子標(biāo)記研究進(jìn)展 |
| 1.6.3 當(dāng)前陸地棉種質(zhì)資源群體纖維品質(zhì)QTL研究的局限性 |
| 1.6.4 突破陸地棉纖維品質(zhì)QTL研究局限性的對(duì)策 |
| 1.7 本研究的目的和意義 |
| 2 外源漸滲引起陸地棉群體分化和重要性狀改變 |
| 2.1 材料和方法 |
| 2.1.1 材料背景 |
| 2.1.2 田間實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)和表型數(shù)據(jù) |
| 2.1.3 DNA提取 |
| 2.1.4 測(cè)序文庫(kù)的構(gòu)建 |
| 2.1.5 變異發(fā)掘 |
| 2.1.6 遺傳多樣性和群體結(jié)構(gòu) |
| 2.1.7 全基因組關(guān)聯(lián)分析 |
| 2.1.8 漸滲分析 |
| 2.1.9 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析 |
| 2.3 結(jié)果與分析 |
| 2.3.1 遺傳結(jié)構(gòu)關(guān)系 |
| 2.3.2 栽培種內(nèi)亞群表型比較 |
| 2.3.3 栽培陸地棉亞群分化的原因 |
| 2.3.4 A06和A08分化區(qū)間內(nèi)的基因表達(dá)特征 |
| 2.3.5 全基因組關(guān)聯(lián)分析確認(rèn)分化區(qū)間內(nèi)與性狀關(guān)聯(lián)的變異 |
| 2.3.6 A06和A08染色體特異單體型可能的形成機(jī)制 |
| 2.4 討論 |
| 2.4.1 不同陸地棉地理種系之間的遺傳成分混雜 |
| 2.4.2 染色體倒位引起群體分化和適應(yīng)性變化 |
| 2.4.3 A06和A08上的染色體結(jié)構(gòu)變異是從半野生棉上漸滲而來(lái) |
| 3 陸地棉纖維品質(zhì)的遺傳基礎(chǔ)及漸滲對(duì)纖維品質(zhì)的改良 |
| 3.1 材料與方法 |
| 3.1.1 材料背景 |
| 3.1.2 田間實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)和纖維品質(zhì)數(shù)據(jù)調(diào)查 |
| 3.1.3 DNA提取 |
| 3.1.4 測(cè)序文庫(kù)的構(gòu)建 |
| 3.1.5 變異發(fā)掘 |
| 3.1.7 遺傳多樣性和群體結(jié)構(gòu) |
| 3.1.8 全基因組關(guān)聯(lián)分析 |
| 3.1.9 漸滲分析 |
| 3.1.10 RNA的提取、熒光定量PCR、測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建和RNA測(cè)序 |
| 3.1.11 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析 |
| 3.2 結(jié)果與分析 |
| 3.2.1 不同棉種在陸地棉基因組上的漸滲 |
| 3.2.2 陸地棉纖維品質(zhì)的遺傳基礎(chǔ) |
| 3.2.3 FL2的遺傳基礎(chǔ) |
| 3.2.4 亞洲棉漸滲位點(diǎn)FL3/FS2的遺傳基礎(chǔ) |
| 3.2.5 FL4的遺傳基礎(chǔ) |
| 3.2.6 FL5/FS1的遺傳基礎(chǔ) |
| 3.2.7 瑟伯氏棉漸滲位點(diǎn)FS3的遺傳基礎(chǔ) |
| 3.2.8 亞洲棉/瑟伯氏棉漸滲片段對(duì)纖維品質(zhì)的改良效應(yīng)及其可能的起源 |
| 3.2.9 陸地棉纖維長(zhǎng)度和纖維強(qiáng)度全部?jī)?yōu)異位點(diǎn)的來(lái)源 |
| 3.2.10 FE1的遺傳基礎(chǔ) |
| 3.2.11 FE2的遺傳基礎(chǔ) |
| 3.2.12 FE3的遺傳基礎(chǔ) |
| 3.2.13 纖維伸長(zhǎng)率與纖維長(zhǎng)度和纖維強(qiáng)度的關(guān)系及其優(yōu)異等位變異的應(yīng)用策略 |
| 3.3 討論 |
| 3.3.1 陸地棉纖維品質(zhì)優(yōu)異等位變異來(lái)源廣泛 |
| 3.3.2 大多數(shù)優(yōu)質(zhì)陸地棉的優(yōu)異等位變異不是來(lái)源于海島棉 |
| 3.3.3 當(dāng)前陸地棉纖維品質(zhì)改良瓶頸的分子基礎(chǔ)和對(duì)策 |
| 4 全文結(jié)論與創(chuàng)新點(diǎn) |
| 4.1 全文結(jié)論 |
| 4.2 創(chuàng)新點(diǎn) |
| 參考文獻(xiàn) |
| 附錄 Ⅰ:附表 |
| 附錄 Ⅱ:作者介紹 |
| 致謝 |
（7）利用關(guān)聯(lián)作圖解析紫斑牡丹產(chǎn)量相關(guān)性狀的等位遺傳變異（論文提綱范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 1 引言 |
| 1.1 產(chǎn)量相關(guān)性狀的研究 |
| 1.1.1 作物產(chǎn)量相關(guān)性狀的研究 |
| 1.1.2 牡丹產(chǎn)量相關(guān)性狀的研究 |
| 1.2 SSR標(biāo)記在作物中的研究應(yīng)用 |
| 1.3 產(chǎn)量相關(guān)的轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子及SSR標(biāo)記的研究 |
| 1.3.1 作物產(chǎn)量相關(guān)的轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子研究 |
| 1.3.2 作物中產(chǎn)量相關(guān)的SSR標(biāo)記的研究 |
| 1.3.3 牡丹中與產(chǎn)量相關(guān)的SSR標(biāo)記的研究 |
| 1.3.4 利用轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)庫(kù)鑒定作物內(nèi)EST-SSR標(biāo)記 |
| 1.4 關(guān)聯(lián)作圖及其在牡丹遺傳育種中的應(yīng)用 |
| 1.4.1 關(guān)聯(lián)作圖的內(nèi)涵及影響因素 |
| 1.4.2 關(guān)聯(lián)作圖的優(yōu)勢(shì)和策略 |
| 1.4.3 關(guān)聯(lián)作圖在作物中的應(yīng)用現(xiàn)狀 |
| 1.4.4 關(guān)聯(lián)作圖在作物產(chǎn)量研究中的應(yīng)用 |
| 1.4.5 關(guān)聯(lián)作圖在牡丹遺傳育種中的應(yīng)用 |
| 1.5 本研究的目的和意義 |
| 1.6 本研究的主要內(nèi)容和技術(shù)路線 |
| 2 紫斑牡丹群體產(chǎn)量相關(guān)性狀的表型分析 |
| 2.1 材料及方法 |
| 2.1.1 試驗(yàn)材料 |
| 2.1.2 性狀測(cè)定 |
| 2.1.3 數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)方法 |
| 2.2 結(jié)果與分析 |
| 2.2.1 紫斑牡丹群體數(shù)量性狀表型變異分析 |
| 2.2.2 紫斑牡丹群體數(shù)量性狀的相關(guān)性分析 |
| 2.2.3 紫斑牡丹群體數(shù)量性狀的主成分分析 |
| 2.2.4 紫斑牡丹群體數(shù)量性狀的聚類分析 |
| 2.3 討論 |
| 2.3.1 紫斑牡丹群體的數(shù)量性狀特點(diǎn)和分布類型 |
| 2.3.2 紫斑牡丹群體數(shù)量性狀變異分析方法 |
| 2.3.3 紫斑牡丹高產(chǎn)性狀的選育 |
| 2.4 小結(jié) |
| 3 紫斑牡丹產(chǎn)量相關(guān)轉(zhuǎn)錄因子內(nèi)SSR標(biāo)記的開發(fā)及高效性評(píng)價(jià) |
| 3.1 材料及方法 |
| 3.1.1 試驗(yàn)材料 |
| 3.1.2 基因組DNA的提取和檢測(cè) |
| 3.1.3 EST-SSR標(biāo)記的查找、引物設(shè)計(jì)、有效性和多態(tài)性篩選 |
| 3.1.4 數(shù)據(jù)分析 |
| 3.2 結(jié)果與分析 |
| 3.2.1 數(shù)據(jù)分析 |
| 3.2.2 EST-SSR標(biāo)記的有效性、多態(tài)性篩選及功能注釋 |
| 3.2.3 EST-SSR標(biāo)記的多態(tài)性及通用性檢測(cè) |
| 3.2.4 EST-SSR標(biāo)記的有效性檢測(cè) |
| 3.3 討論 |
| 3.3.1 基于兩代轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)開發(fā)EST-SSR標(biāo)記 |
| 3.3.2 EST內(nèi) SSR標(biāo)記的重復(fù)類型 |
| 3.3.3 EST內(nèi) SSR標(biāo)記的有效性和多態(tài)性 |
| 3.3.4 EST-SSR標(biāo)記對(duì)芍藥屬種質(zhì)遺傳關(guān)系的評(píng)價(jià) |
| 3.4 小結(jié) |
| 4 紫斑牡丹關(guān)聯(lián)群體遺傳多樣性和群體結(jié)構(gòu)分析 |
| 4.1 材料及方法 |
| 4.1.1 試驗(yàn)材料 |
| 4.1.2 試驗(yàn)方法 |
| 4.1.3 數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)分析 |
| 4.2 結(jié)果與分析 |
| 4.2.1 群體遺傳多樣性分析 |
| 4.2.2 群體遺傳結(jié)構(gòu)分析 |
| 4.3 討論 |
| 4.3.1 紫斑牡丹群體遺傳多樣性評(píng)價(jià) |
| 4.3.2 紫斑牡丹群體遺傳結(jié)構(gòu)分析 |
| 4.4 小結(jié) |
| 5 紫斑牡丹產(chǎn)量相關(guān)性狀及其與EST-SSR標(biāo)記的關(guān)聯(lián)作圖 |
| 5.1 材料及方法 |
| 5.1.1 試驗(yàn)材料 |
| 5.1.2 關(guān)聯(lián)群體表型性狀測(cè)定 |
| 5.1.3 基因組DNA提取、EST-SSR標(biāo)記篩選和基因型分型 |
| 5.1.4 數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)分析 |
| 5.2 結(jié)果與分析 |
| 5.2.1 連鎖不平衡分析 |
| 5.2.2 紫斑牡丹產(chǎn)量相關(guān)的花部性狀的單標(biāo)記關(guān)聯(lián)作圖 |
| 5.2.3 紫斑牡丹產(chǎn)量相關(guān)枝葉性狀的單標(biāo)記關(guān)聯(lián)作圖 |
| 5.2.4 紫斑牡丹產(chǎn)量相關(guān)的果實(shí)性狀的單標(biāo)記關(guān)聯(lián)作圖 |
| 5.2.5 與紫斑牡丹果實(shí)性狀顯著相關(guān)的EST-SSR標(biāo)記 |
| 5.3 討論 |
| 5.3.1 木本植物的連鎖不平衡水平 |
| 5.3.2 利用關(guān)聯(lián)作圖確定功能性等位變異 |
| 5.3.3 調(diào)控紫斑牡丹產(chǎn)量性狀的AP2基因家族 |
| 5.3.4 調(diào)控紫斑牡丹產(chǎn)量性狀的MYB類轉(zhuǎn)錄因子 |
| 5.4 小結(jié) |
| 6 關(guān)聯(lián)群體顯著關(guān)聯(lián)位點(diǎn)在連鎖群體中的驗(yàn)證 |
| 6.1 材料及方法 |
| 6.1.1 試驗(yàn)材料 |
| 6.1.2 群體表型性狀測(cè)定 |
| 6.1.3 基因組DNA提取、SSR標(biāo)記篩選和基因型分型 |
| 6.1.4 數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)分析 |
| 6.2 結(jié)果與分析 |
| 6.3 討論 |
| 6.4 小結(jié) |
| 7 結(jié)論與展望 |
| 7.1 主要結(jié)論 |
| 7.2 存在問(wèn)題及展望 |
| 7.3 創(chuàng)新點(diǎn) |
| 參考文獻(xiàn) |
| 附錄 |
| 個(gè)人簡(jiǎn)介 |
| 導(dǎo)師簡(jiǎn)介 |
| 獲得成果目錄 |
| 致謝 |
（8）基于140種植物全基因組序列的SSRs比較分析與長(zhǎng)SSRs潛在功能的初探（論文提綱范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 1 前言 |
| 1.1 植物基因組測(cè)序的進(jìn)展 |
| 1.2 簡(jiǎn)單重復(fù)序列簡(jiǎn)介 |
| 1.2.1 簡(jiǎn)單重復(fù)序列的定義 |
| 1.2.2 簡(jiǎn)單重復(fù)序列的分類 |
| 1.2.3 簡(jiǎn)單重復(fù)序列的分布 |
| 1.2.4 簡(jiǎn)單重復(fù)序列與適應(yīng)性進(jìn)化 |
| 1.3 SSRs分子標(biāo)記應(yīng)用 |
| 1.3.1 SSRs分子標(biāo)記的特點(diǎn) |
| 1.3.2 SSRs標(biāo)記在分子生態(tài)學(xué)中的應(yīng)用 |
| 1.4 研究的目的和意義 |
| 2 材料與方法 |
| 2.1 植物基因組數(shù)據(jù)的獲取和物種的分類 |
| 2.1.1 植物基因組數(shù)據(jù)的獲取 |
| 2.1.2 植物的分類方法 |
| 2.2 基因組數(shù)據(jù)的格式化處理 |
| 2.3 SSRs的提取 |
| 2.4 長(zhǎng)SSRS的提取與分析 |
| 2.5 數(shù)據(jù)處理 |
| 3 結(jié)果與分析 |
| 3.1 植物信息的統(tǒng)計(jì) |
| 3.2 SSRS的分布統(tǒng)計(jì) |
| 3.2.1 植物中SSRS的總體分布情況 |
| 3.2.2 被子植物不同科之間SSRS的分布情況 |
| 3.3 不同分類群中SSRS的分布偏好 |
| 3.3.1 不同SSRs類型在不同分類植物中的分布 |
| 3.3.2 植物基因組和SSRs中GC含量的統(tǒng)計(jì) |
| 3.3.3 GC含量與SSRs motif的關(guān)系 |
| 3.4 植物中長(zhǎng)SSRs的分析 |
| 3.4.1 基因組中長(zhǎng)SSRs的分布偏好 |
| 3.4.2 編碼區(qū)中長(zhǎng)SSRs的結(jié)構(gòu)與功能預(yù)測(cè) |
| 4 討論 |
| 4.1 植物基因組大小與SSRs頻率的關(guān)系 |
| 4.2 SSRs偏好性的影響因素 |
| 4.3 植物基因組和CDS中長(zhǎng)的SSRs分布的偏好性 |
| 5 結(jié)論 |
| 參考文獻(xiàn) |
| 附錄 |
| 致謝 |
（9）利用棉花優(yōu)質(zhì)漸滲系進(jìn)行纖維長(zhǎng)度及其相關(guān)性狀QTL的定位（論文提綱范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 縮略詞表 |
| 第一部分 文獻(xiàn)綜述 |
| 1 棉花的起源與分類 |
| 2 棉纖維的發(fā)育及結(jié)構(gòu) |
| 3 遺傳標(biāo)記技術(shù)的發(fā)展 |
| 3.1 形態(tài)學(xué)標(biāo)記 |
| 3.2 細(xì)胞學(xué)標(biāo)記 |
| 3.3 生化標(biāo)記 |
| 3.4 分子標(biāo)記 |
| 4 遺傳連鎖圖譜 |
| 4.1 遺傳作圖群體構(gòu)建 |
| 4.2 遺傳連鎖圖譜在棉花中的應(yīng)用 |
| 5 棉花數(shù)量性狀QTL定位研究進(jìn)展 |
| 5.1 棉花纖維品質(zhì)相關(guān)QTL的定位 |
| 5.2 棉花產(chǎn)量性狀相關(guān)QTL的定位 |
| 5.3 利用漸滲系對(duì)棉花纖維品質(zhì)相關(guān)性狀QTL定位的研究 |
| 6 本研究的目的和意義 |
| 第二部分 研究論文 |
| 第一章 纖維長(zhǎng)度及相關(guān)性狀的QTL定位 |
| 1 材料與方法 |
| 1.1 實(shí)驗(yàn)材料 |
| 1.2 實(shí)驗(yàn)方法 |
| 2 結(jié)果與分析 |
| 2.1 纖維品質(zhì)和產(chǎn)量性狀的表型數(shù)據(jù)分析 |
| 2.2 纖維品質(zhì)和產(chǎn)量性狀的相關(guān)性分析 |
| 2.3 標(biāo)記篩選 |
| 2.4 群體全基因組掃描 |
| 2.5 遺傳連鎖圖譜的構(gòu)建 |
| 2.6 標(biāo)記的偏分離現(xiàn)象 |
| 2.7 纖維長(zhǎng)度QTL的定位 |
| 2.8 其他纖維相關(guān)性狀QTL的定位 |
| 3 討論 |
| 3.1 纖維長(zhǎng)度QTL的分析 |
| 3.2 標(biāo)記的偏分離現(xiàn)象 |
| 3.3 海島棉優(yōu)異漸滲位點(diǎn)的深入挖掘 |
| 第二章 QTL簇的鑒定和候選基因預(yù)測(cè) |
| 1 材料與方法 |
| 2 結(jié)果與分析 |
| 2.1 QTL簇的鑒定 |
| 2.2 C25-cluster區(qū)間基因GO富集分析 |
| 2.3 C25-cluster區(qū)間基因KEGG富集分析 |
| 2.4 候選基因表達(dá)分析 |
| 3 討論 |
| 3.1 QTL簇分析 |
| 3.2 C25-cluster區(qū)間候選基因分析 |
| 全文結(jié)論 |
| 參考文獻(xiàn) |
| 附表 |
| 攻讀碩士期間發(fā)表文章 |
| 致謝 |
（10）海島棉產(chǎn)量、纖維品質(zhì)性狀QTL有利等位基因鑒定（論文提綱范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 文獻(xiàn)綜述 |
| 1.1 棉花的分類 |
| 1.1.1 棉花的分類 |
| 1.1.2 棉花栽培種 |
| 1.2 分子標(biāo)記技術(shù) |
| 1.2.1 分子標(biāo)記 |
| 1.2.2 分子標(biāo)記的類型 |
| 1.2.3 幾種常用的分子標(biāo)記技術(shù) |
| 1.2.4 分子標(biāo)記技術(shù)在棉花中的應(yīng)用 |
| 1.3 遺傳作圖群體 |
| 1.3.1 初級(jí)作圖群體 |
| 1.3.2 次級(jí)作圖群體 |
| 1.4 QTL定位 |
| 1.4.1 QTL定位原理和方法 |
| 1.4.2 棉花產(chǎn)量相關(guān)QTL定位研究進(jìn)展 |
| 1.4.3 棉花品質(zhì)性狀QTL定位研究進(jìn)展 |
| 1.5 染色體片段代換系 |
| 1.5.1 染色體片段代換系的概念及特點(diǎn) |
| 1.5.2 染色體片段代換系的構(gòu)建 |
| 1.5.3 染色體片段代換系的應(yīng)用 |
| 1.5.4 染色體片段代換系在棉花中的應(yīng)用及進(jìn)展 |
| 第2章 引言 |
| 2.1 研究目的和意義 |
| 2.2 技術(shù)路線 |
| 第3章 材料與方法 |
| 3.1 試驗(yàn)材料及群體構(gòu)建 |
| 3.2 基因組DNA的提取 |
| 3.2.1 儀器設(shè)備 |
| 3.2.2 棉花葉片的采取 |
| 3.2.3 DNA提取所需藥品與試劑的配制 |
| 3.2.4 棉花基因組DNA的具體提取步驟 |
| 3.3 SSR標(biāo)記 |
| 3.3.1 SSR引物的來(lái)源 |
| 3.3.2 SSR引物擴(kuò)增體系 |
| 3.3.3 聚丙烯酰胺凝膠電泳 |
| 3.3.4 基因型檢測(cè) |
| 3.4 數(shù)據(jù)分析 |
| 3.4.1 產(chǎn)量和纖維品質(zhì)性狀檢測(cè) |
| 3.4.2 表型性狀分析 |
| 3.4.3 BC3F2群體單株基因型分析 |
| 3.4.4 產(chǎn)量及纖維品質(zhì)性狀QTL定位 |
| 第4章 結(jié)果與分析 |
| 4.1 染色體片段代換系基因型檢測(cè) |
| 4.2 染色體片段代換系基因型分析 |
| 4.2.1 代換系群體單株基因型分析 |
| 4.2.2 代換系群體中各染色體分析 |
| 4.3 表型數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)分析 |
| 4.3.1 產(chǎn)量性狀分析 |
| 4.3.2 纖維品質(zhì)性狀分析 |
| 4.3.3 表型數(shù)據(jù)相關(guān)性分析 |
| 4.3.4 表型數(shù)據(jù)方差分析 |
| 4.4 纖維產(chǎn)量與品質(zhì)相關(guān)QTL定位分析 |
| 4.4.1 衣分相關(guān)QTL分析 |
| 4.4.2 子指相關(guān)QTL分析 |
| 4.4.3 纖維整齊度相關(guān)QTL分析 |
| 4.4.4 纖維長(zhǎng)度相關(guān)QTL分析 |
| 4.4.5 纖維比強(qiáng)度相關(guān)QTL分析 |
| 4.4.6 馬克隆值相關(guān)QTL分析 |
| 4.4.7 纖維伸長(zhǎng)率相關(guān)QTL分析 |
| 第5章 討論 |
| 5.1 代換系親本材料的選擇 |
| 5.2 代換系材料中海島棉片段的代換率 |
| 5.3 QTL的成簇分布現(xiàn)象 |
| 5.4 有利等位基因的來(lái)源 |
| 5.5 共同QTL |
| 第6章 結(jié)論 |
| 6.1 海島棉代換系材料的構(gòu)建 |
| 6.2 D亞組染色體片段代換系各單株基因型分析 |
| 6.3 D亞組染色體片段代換系各染色體分析 |
| 6.4 棉花產(chǎn)量與纖維品質(zhì)QTL定位分析 |
| 6.5 QTL簇分析 |
| 參考文獻(xiàn) |
| 致謝 |
| 發(fā)表論文 |
四、Genetic Diversity in Upland Cotton (Gossypium hirsutum L. ) Cultivars Based on RAPDs and SSRs（論文參考文獻(xiàn)）
- [1]陸地棉野生系闊葉棉產(chǎn)量和纖維品質(zhì)QTL有利等位基因鑒定[D]. 張瀟. 西南大學(xué), 2021(01)
- [2]陸地棉與野生種系尖斑棉雜交群體產(chǎn)量及纖維品質(zhì)QTL定位[D]. 馬君睿. 西南大學(xué), 2021(01)
- [3]陸地棉產(chǎn)量和纖維品質(zhì)性狀QTL分析[D]. 歐云燦. 西南大學(xué), 2021(01)
- [4]基于全基因組重測(cè)序解析新疆海島棉遺傳變異及纖維性狀相關(guān)基因的挖掘[D]. 余靜文. 浙江大學(xué), 2021(01)
- [5]棉屬葉綠體基因組核苷酸進(jìn)化和遺傳關(guān)系研究[D]. 王寧. 西北大學(xué), 2021(12)
- [6]外源漸滲對(duì)栽培陸地棉群體分化和纖維品質(zhì)的影響[D]. 何守樸. 華中農(nóng)業(yè)大學(xué), 2020
- [7]利用關(guān)聯(lián)作圖解析紫斑牡丹產(chǎn)量相關(guān)性狀的等位遺傳變異[D]. 劉娜. 北京林業(yè)大學(xué), 2020(01)
- [8]基于140種植物全基因組序列的SSRs比較分析與長(zhǎng)SSRs潛在功能的初探[D]. 朱林. 山東農(nóng)業(yè)大學(xué), 2020(12)
- [9]利用棉花優(yōu)質(zhì)漸滲系進(jìn)行纖維長(zhǎng)度及其相關(guān)性狀QTL的定位[D]. 焦夢(mèng)佳. 山東師范大學(xué), 2020(08)
- [10]海島棉產(chǎn)量、纖維品質(zhì)性狀QTL有利等位基因鑒定[D]. 賈永斌. 西南大學(xué), 2020(01)
標(biāo)簽：基因組論文; 遺傳變異論文; 海島棉論文; 高通量測(cè)序論文; 基因變異論文;