一、人和黑猩猩遺傳信息差別小（論文文獻(xiàn)綜述）
馬立[1]（2018）在《基于位置權(quán)重矩陣的長(zhǎng)非編碼RNA預(yù)測(cè)方法研究》文中研究指明人類基因組測(cè)序計(jì)劃的研究表明,在人類基因組中,僅有不到全部基因組序列2%的基因具有編碼蛋白質(zhì)的功能,其余是缺乏蛋白質(zhì)編碼能力的,這在早期曾被認(rèn)為是“垃圾基因”,直到2004年才有研究學(xué)者發(fā)現(xiàn)所謂“垃圾基因”序列中可能暗藏著大量的DNA調(diào)控元件、轉(zhuǎn)座子和非編碼RNA基因。在DNA元件百科全書（Encyclopedia Of DNA Elements,簡(jiǎn)稱為ENCODE項(xiàng)目）完成后,人們進(jìn)一步發(fā)現(xiàn)大部分DNA序列能夠被轉(zhuǎn)錄成RNA,其中大部分的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物為非編碼RNA,而在非編碼RNA中,絕大多數(shù)的轉(zhuǎn)錄本是長(zhǎng)度大于200個(gè)堿基的長(zhǎng)非編碼RNA。近些年來(lái),研究者們對(duì)這些長(zhǎng)非編碼RNA的研究持續(xù)升溫,研究結(jié)果表明長(zhǎng)非編碼RNA能夠在轉(zhuǎn)錄及轉(zhuǎn)錄后水平上調(diào)節(jié)蛋白編碼基因的表達(dá),從而廣泛地參與包括細(xì)胞分化、個(gè)體發(fā)育在內(nèi)的重要生命過(guò)程,其異常表達(dá)還與多種人類重大疾病的發(fā)生密切相關(guān)。但目前還有大量的長(zhǎng)非編碼RNA沒(méi)有被識(shí)別出來(lái),所以如何將長(zhǎng)非編碼RNA從大量的轉(zhuǎn)錄本中快速而準(zhǔn)確的挑選出來(lái)是一件非常值得研究的課題。本文使用計(jì)算機(jī)的方法來(lái)對(duì)長(zhǎng)非編碼RNA進(jìn)行預(yù)測(cè)識(shí)別,相較于生物學(xué)的方法,極大地提高了識(shí)別效率?，F(xiàn)有的長(zhǎng)非編碼RNA預(yù)測(cè)研究中,主要有三個(gè)問(wèn)題:一是很多預(yù)測(cè)方法過(guò)于依賴現(xiàn)有物種蛋白質(zhì)編碼庫(kù),一旦當(dāng)前物種對(duì)應(yīng)的蛋白質(zhì)編碼庫(kù)數(shù)據(jù)較少就會(huì)影響最終的識(shí)別結(jié)果。二是一旦測(cè)序過(guò)程中存在一些序列錯(cuò)誤,大多數(shù)預(yù)測(cè)方法的識(shí)別率就會(huì)大大降低,而測(cè)序過(guò)程中的序列錯(cuò)誤幾乎是不可避免的。三是在特征提取中未能統(tǒng)計(jì)到序列的位置相關(guān)信息,大多是核苷酸含量或組合的特征。為了解決上述問(wèn)題,本文首先對(duì)長(zhǎng)非編碼RNA與編碼RNA序列的特征進(jìn)行分析,提取出兩大類特征,分別是生物特征類和序列結(jié)構(gòu)特征類,其中生物特征類中包含開放閱讀框特征和聚合體特征,序列結(jié)構(gòu)特征類中包含k-mer特征、Fickett特征和位置權(quán)重矩陣特征,這種特征提取方式不依賴于蛋白編碼庫(kù),也有一定的容錯(cuò)性。在特征提取中我們首次使用位置權(quán)重矩陣的方法來(lái)提取核苷酸的位置特征,并在實(shí)驗(yàn)中取得了較好的結(jié)果。為了提升預(yù)測(cè)方法的訓(xùn)練速度并減少特征空間維度,本文在特征選擇階段依次使用包裝法和過(guò)濾法進(jìn)行特征選擇,經(jīng)過(guò)特征選擇后我們得到了數(shù)量較少的具有代表性的特征。接下來(lái),我們分別使用了支持向量機(jī)、隨機(jī)森林和BP神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)這幾種機(jī)器學(xué)習(xí)方法對(duì)訓(xùn)練集進(jìn)行訓(xùn)練分類,并使用網(wǎng)格遍歷方法對(duì)分類器模型參數(shù)進(jìn)行選取,經(jīng)實(shí)驗(yàn)對(duì)比后,選擇支持向量機(jī)作為模型的分類器進(jìn)行長(zhǎng)非編碼RNA的預(yù)測(cè),實(shí)驗(yàn)證明預(yù)測(cè)模型效果較優(yōu)。在構(gòu)建本文的長(zhǎng)非編碼RNA預(yù)測(cè)模型時(shí),我們使用十折交叉驗(yàn)證對(duì)預(yù)測(cè)模型在訓(xùn)練集上進(jìn)行了驗(yàn)證,最終在測(cè)試集上取得了較高的準(zhǔn)確率和一致性。與之前的長(zhǎng)非編碼RNA預(yù)測(cè)方法相比較,本文的預(yù)測(cè)結(jié)果也具有較大的優(yōu)勢(shì),且本文方法是不依賴于相應(yīng)物種蛋白質(zhì)編碼庫(kù)的。在跨物種的數(shù)據(jù)集上進(jìn)行實(shí)驗(yàn),結(jié)果表明本文算法也具有一定的普適性。
胡曦[2]（2017）在《彼得·辛格的動(dòng)物解放論探析》文中指出彼得·辛格是當(dāng)代著名的應(yīng)用倫理學(xué)家,曾任國(guó)際生命倫理學(xué)學(xué)會(huì)主席,也是西方生態(tài)倫理學(xué)史上承上啟下的重要人物。他所提出的動(dòng)物解放論,在當(dāng)代既具較大影響力,也具有爭(zhēng)議性;他所撰寫的《動(dòng)物解放論》,被譽(yù)為“動(dòng)物保護(hù)論的圣經(jīng)”,是把道德關(guān)懷的范圍從人類擴(kuò)展到動(dòng)物的重大嘗試。辛格看到在消費(fèi)需求拉動(dòng)下,被作為食物的動(dòng)物消耗量大幅增加加重了生態(tài)環(huán)境的負(fù)擔(dān),看到動(dòng)物養(yǎng)殖場(chǎng)、屠宰場(chǎng)的不斷擴(kuò)張以及動(dòng)物實(shí)驗(yàn)的持續(xù)濫用導(dǎo)致對(duì)動(dòng)物的虐待與殘害行為大幅遞增,他認(rèn)為有必要打破傳統(tǒng)倫理學(xué)的邊界,提出動(dòng)物解放論;在辛格看來(lái),“解放動(dòng)物,就是再一次解放人類”。辛格首先以自然科學(xué)在人類與動(dòng)物基因相似性上的發(fā)現(xiàn)為基礎(chǔ),論證人類與動(dòng)物之間并非存在著不可逾越的鴻溝,人與動(dòng)物之間有著割不斷的親緣關(guān)系,并以此作為動(dòng)物解放論的理論前提,從而使道德關(guān)懷從人類擴(kuò)展到動(dòng)物,在理論推演上具有可能性。其次,他在功利主義和平等原理的基礎(chǔ)上,提出了動(dòng)物解放論的兩大原則——混合型功利主義原則和雙因素平等主義原則。再次,作為動(dòng)物解放論的延展推論,辛格大力倡導(dǎo)素食主義,從道德考慮、環(huán)保旨?xì)w、康壽需要等方面闡述了實(shí)踐素食主義的必要性,鼓勵(lì)人們與大自然建立一種新型的關(guān)系。在有關(guān)動(dòng)物保護(hù)問(wèn)題的探討中,辛格的動(dòng)物解放論與動(dòng)物福利論（以邊沁為代表）和動(dòng)物權(quán)利論（以雷根為代表的強(qiáng)式動(dòng)物權(quán)利論和以沃倫為代表的弱式動(dòng)物權(quán)利論）既有聯(lián)系又有區(qū)別。辛格繼承并發(fā)展了以邊沁為理論先驅(qū)的動(dòng)物福利論,但他對(duì)動(dòng)物解放的辯護(hù)又不是建立在權(quán)利的基礎(chǔ)之上。動(dòng)物權(quán)利論的代表人物雷根和沃倫與辛格的激烈交鋒從另一個(gè)側(cè)面也烘托了辛格動(dòng)物解放論的理論影響。盡管辛格的動(dòng)物解放論具有爭(zhēng)議性,但他的確為拓展倫理學(xué)的范圍作出了重大嘗試,為生態(tài)倫理學(xué)增加了探討人與自然關(guān)系的新視角。在現(xiàn)實(shí)中,他也影響了越來(lái)越多的人出于道德考慮選擇素食主義,并間接影響了歐洲對(duì)待養(yǎng)殖場(chǎng)動(dòng)物養(yǎng)殖方式的變化等等。但辛格的動(dòng)物解放論也有明顯的理論局限,一是動(dòng)物解放論對(duì)人類中心主義矯枉過(guò)正,二是他從動(dòng)物解放論得出的延展推論——素食主義作為解決問(wèn)題的主要實(shí)踐方案,其現(xiàn)實(shí)可行性仍然偏小。
楊閆[3]（2014）在《機(jī)器學(xué)習(xí)方法在生物信息學(xué)中的應(yīng)用》文中進(jìn)行了進(jìn)一步梳理當(dāng)人類基因組計(jì)劃（Human Genome Project, HGP）呈上之際，人類開始進(jìn)入了后基因組時(shí)代。在這一時(shí)代里，生物序列數(shù)據(jù)成指數(shù)增長(zhǎng)，如何把有價(jià)值的生物信息從海量的生物序列數(shù)據(jù)中挖掘出來(lái)，已成為迫切需要解決的問(wèn)題。本文研究機(jī)器學(xué)習(xí)方法在生物信息學(xué)若干問(wèn)題中的應(yīng)用，主要內(nèi)容如下：第二章，我們提出一類新的DNA序列3-D圖形表示并且證明它具有兩種性質(zhì)：（1）這是一個(gè)非退化圖形；（2）每一個(gè)DNA序列與其對(duì)應(yīng)圖形成一一對(duì)應(yīng)關(guān)系?；谶@個(gè)圖形表示，我們將DNA序列轉(zhuǎn)化為12維特征向量，它的分量為相應(yīng)L/L矩陣的ALE指標(biāo)。對(duì)3個(gè)數(shù)據(jù)集構(gòu)建了系統(tǒng)發(fā)生樹，結(jié)果證明了我們方法的有效性。第三章，借助特征序列，我們提出了DNA序列的32k維完全字向量表示。然后基于粗糙集理論提出一種特征選擇方法來(lái)提取包含信息最豐富的k字并用這些選擇的特征來(lái)表示DNA序列。為了評(píng)價(jià)我們的方法的性能，對(duì)5個(gè)數(shù)據(jù)集進(jìn)行了系統(tǒng)發(fā)生分析實(shí)驗(yàn)。其中第1個(gè)數(shù)據(jù)集用作訓(xùn)練集，從32116144個(gè)k字中按重要程度，共有869個(gè)字被選擇出來(lái)構(gòu)成最終的特征向量。另外的4個(gè)數(shù)據(jù)集作為測(cè)試集。結(jié)果表明，我們所提出的方法能抓住最重要的信息并且對(duì)于分子系統(tǒng)發(fā)生分析是非常有效的。第四章，借鑒第三章的工作，我們從DNA模板出發(fā)，結(jié)合k字頻率之間的關(guān)系和k字頻率本身，構(gòu)造了模板DNA序列的24維特征向量，并以支持向量機(jī)為分類器，利用夾克刀檢驗(yàn)，對(duì)模板DNA序列進(jìn)行PCR擴(kuò)增難易預(yù)測(cè)。我們的準(zhǔn)確度達(dá)到了92.59%。第五章，借鑒第三章和第四章中的頻率位置信息與頻率本身相結(jié)合的思想，并結(jié)合氨基酸的分類模型、理化性質(zhì)和替換矩陣構(gòu)造了蛋白質(zhì)序列的特征向量，以最近鄰方法作為分類器，利用ZW225和CL317數(shù)據(jù)集對(duì)我們的方法進(jìn)行了檢驗(yàn)，所得結(jié)果同其它亞細(xì)胞定位預(yù)測(cè)方法做了比較。結(jié)果證明了我們的方法是非常有效的。
曾秀鳳[4]（2012）在《雙胚苗水稻同源多倍體基因表達(dá)和DNA甲基化的研究》文中認(rèn)為基因組加倍被認(rèn)為是真核生物（尤其是開花植物）進(jìn)化的加速器。基因組加倍事件已經(jīng)在多個(gè)物種中被確定,包括酵母、脊椎動(dòng)物以及水稻、擬南芥等：多倍體植物往往出現(xiàn)一些新的表型和特征,如器官體積、花期、抗旱、抗病蟲等方面的改變。研究發(fā)現(xiàn),這些變異可能與表觀遺傳調(diào)控密切相關(guān),即多倍化后DNA甲基化修飾、組蛋白修飾、小RNA調(diào)控等發(fā)生變異,調(diào)控多倍體基因表達(dá),進(jìn)而影響進(jìn)化的歷程。表觀遺傳調(diào)控是指不涉及DNA序列改變的可遺傳的基因表達(dá)調(diào)控方式。DNA甲基化是重要的表觀遺傳修飾之一,并參與很多細(xì)胞學(xué)過(guò)程的調(diào)控。研究發(fā)現(xiàn),很多植物如擬南芥、油菜、棉花等,其多倍化過(guò)程中都存在DNA甲基化變異,且多倍體中DNA甲基化變異能調(diào)控基因的表達(dá)。研究基因組加倍事件的影響,需將DNA序列變異的遺傳效應(yīng)排除。因?yàn)槎啾痘^(guò)程中,基因組加倍與DNA序列變異常伴隨發(fā)生,故二者對(duì)基因表達(dá)及DNA甲基化修飾的影響可能混在一起。因此,我們認(rèn)為遺傳背景相同的同源多倍體是研究倍性效應(yīng)的理想材料。本研究以來(lái)源于水稻雙胚苗SARⅡ-628株系的單倍體-二倍體-三倍體-四倍體水稻材料作為研究對(duì)象,分析基因表達(dá)和DNA甲基化的變異情況及兩者的相關(guān)性。采用甲基化DNA免疫共沉淀聯(lián)合測(cè)序技術(shù)（MeDIP-SEQ）來(lái)研究不同倍性水稻材料的全基因組DNA甲基化變異情況。同時(shí)與倍性水稻材料的mRNA數(shù)字表達(dá)譜（DGE）資料進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析,探索水稻多倍化過(guò)程中DNA甲基化修飾與基因表達(dá)之間的相關(guān)性。實(shí)驗(yàn)結(jié)果如下：一、DNA甲基化水平變化：對(duì)同源倍性系列水稻材料進(jìn)行全基因組DNA甲基化的MeDIP-SEQ分析,發(fā)現(xiàn)：DNA甲基化廣泛分布于水稻12條染色體上,但不同倍性材料之間存在一定程度的差異,基因的甲基化變異主要發(fā)生在啟動(dòng)子區(qū)（占72.39%）。在1N-2N-3N中,多數(shù)基因（54.1%）的DNA甲基化程度不受倍性變化的影響,維持不變；相對(duì)于單倍體和三倍體而言,二倍體中DNA甲基化水平上調(diào)或下調(diào)的基因數(shù)約占22.9%；隨著倍性增加,DNA甲基化程度遞增或遞減的基因數(shù)很少,僅占0.8%左右。二、mRNA表達(dá)水平變化：對(duì)同源倍性系列水稻材料全基因組mRNA的數(shù)字表達(dá)譜分析,發(fā)現(xiàn)：在N-2N-3N中,大多數(shù)基因（81.57%）的mRNA表達(dá)水平不受倍性變化的影響,維持不變；隨倍性增加,mRNA表達(dá)水平隨之增加或減少的基因很少,僅占1.39%左右。同時(shí)還發(fā)現(xiàn),基因的表達(dá)水平越低,其在不同倍性間發(fā)生表達(dá)變異的幾率就越大。三、DNA甲基化和mRNA表達(dá)關(guān)聯(lián)分析：統(tǒng)計(jì)結(jié)果顯示：①對(duì)于單個(gè)水稻材料來(lái)說(shuō),DNA甲基化程度與mRNA表達(dá)水平呈負(fù)相關(guān)性的基因約占1/4；DNA甲基化修飾位于基因的不同區(qū)域,其mRNA表達(dá)水平也會(huì)有不同；]mRNA表達(dá)水平不同,基因上同一區(qū)域被甲基化修飾的程度也有一定的差異；②對(duì)于水稻倍性材料1N-2N-3N來(lái)說(shuō),材料倍性不同,相同DNA甲基化修飾類型對(duì)mRNA的平均表達(dá)水平的影響不同；材料倍性不同,mRNA表達(dá)水平相同的基因,同一基因區(qū)域DNA甲基化程度相同；材料隨著倍性的增加,部分基因的mRNA表達(dá)水平與DNA甲基化程度的變化趨勢(shì)呈負(fù)相關(guān)；但仍有部分基因的mRNA表達(dá)水平和DNA甲基化程度之間沒(méi)有明顯的相關(guān)性。綜上所述,本研究證明了水稻多倍化過(guò)程中,全基因組DNA甲基化水平發(fā)生變化,mRNA表達(dá)水平也受倍性效應(yīng)的影響而發(fā)生改變。由于大部分基因的DNA甲基化和mRNA表達(dá)水平的變異與倍性效應(yīng)背離,我們未能找到DNA甲基化變異、基因表達(dá)變異與倍性效應(yīng)這三者之間的調(diào)控規(guī)律。這些結(jié)果顯示了倍性改變后水稻基因表達(dá)調(diào)控因素的復(fù)雜性。
蘭海云[5]（2012）在《嚴(yán)格調(diào)控表達(dá)HCVNS3/4A蛋白三轉(zhuǎn)基因小鼠的建立》文中進(jìn)行了進(jìn)一步梳理丙型肝炎病毒（Hepatitis C virus，HCV）是引起慢性肝病的主要病原體，目前全球約有1.7億HCV感染者。由于HCV的高度變異性，至今尚無(wú)特異有效的疫苗和治療藥物，因而其感染已成為全球性的嚴(yán)重的公共衛(wèi)生問(wèn)題之一。自1989年首次分離和鑒定出HCV至今，對(duì)HCV的防治研究一直進(jìn)展緩慢。其原因主要是由于HCV感染高度嚴(yán)格的種屬嗜性導(dǎo)致有效、穩(wěn)定的實(shí)驗(yàn)動(dòng)物模型的缺乏。這不僅嚴(yán)重阻礙了對(duì)HCV感染和致病機(jī)制的研究，而且也極大地限制了抗病毒藥物和疫苗的開發(fā)。HCV基因組RNA編碼的NS3/4A蛋白具有絲氨酸蛋白酶和解旋酶活性。體外實(shí)驗(yàn)研究表明，HCV NS3/4A蛋白在蛋白前體的加工成熟、RNA復(fù)制以及病毒裝配等過(guò)程中發(fā)揮著關(guān)鍵作用。因此，NS3/4A蛋白已成為目前抗HCV藥物研發(fā)中最為重要的靶點(diǎn)之一。不僅如此，NS3/4A絲氨酸蛋白酶靶向作用于感染細(xì)胞內(nèi)非病毒復(fù)制相關(guān)的宿主蛋白，通過(guò)阻礙干擾素合成信號(hào)的傳遞等介導(dǎo)病毒的免疫逃逸與感染慢性化。這提示，靶向NS3/4A絲氨酸蛋白酶的抑制劑可能具備阻斷感染細(xì)胞內(nèi)病毒的復(fù)制和恢復(fù)感染細(xì)胞內(nèi)固有免疫防御應(yīng)答的雙重作用。為了進(jìn)一步在動(dòng)物水平深入研究NS3/4A蛋白與宿主相互作用的機(jī)制及為NS3/4A絲氨酸蛋白酶抑制劑的篩選提供可靠有效的動(dòng)物模型，本課題聯(lián)合應(yīng)用Tet-On調(diào)控系統(tǒng)和Cre/LoxP基因敲除系統(tǒng)，通過(guò)在體生物發(fā)光成像技術(shù)篩選和建立了穩(wěn)定、可調(diào)控表達(dá)HCV NS3/4A蛋白的轉(zhuǎn)基因小鼠模型，試驗(yàn)證實(shí)該轉(zhuǎn)基因小鼠模型體內(nèi)NS3/4A蛋白的表達(dá)具有良好的組織特異性和可調(diào)控性。主要內(nèi)容和結(jié)果如下：1.構(gòu)建受Tet-On調(diào)控系統(tǒng)和Cre/LoxP基因敲除系統(tǒng)雙重調(diào)控表達(dá)NS3/4A蛋白的重組載體pBI-G//LoxP-FLuc-BGH PolyA-LoxP-NS3/4A采用分子克隆技術(shù)在真核表達(dá)質(zhì)粒pBI-G雙向啟動(dòng)子一側(cè)多克隆位點(diǎn)處依次插入LoxP、Fluc、BGH PolyA、LoxP及NS3/4A序列，成功構(gòu)建了含Tet-On調(diào)控系統(tǒng)元件和Cre/LoxP基因剔除系統(tǒng)元件、報(bào)告基因Fluc及HCVNS3/4A蛋白基因的重組質(zhì)粒pBI-G//LoxP-FLuc-BGH PolyA-LoxP-NS3/4A。該重組質(zhì)粒與pTet-On及pBI-G//Cre質(zhì)粒共轉(zhuǎn)染CHO細(xì)胞，生物發(fā)光成像及蛋白表達(dá)檢測(cè)顯示，當(dāng)且僅當(dāng)細(xì)胞經(jīng)Dox持續(xù)誘導(dǎo)，同時(shí)表達(dá)反向四環(huán)素調(diào)控轉(zhuǎn)錄激活因子（rtTA）與Cre重組酶時(shí)，該重組質(zhì)粒才表達(dá)NS3/4A蛋白，體外證實(shí)了該重組載體構(gòu)建成功且表達(dá)NS3/4A蛋白的調(diào)控性良好。另外，在該重組質(zhì)粒中報(bào)告基因Fluc的合理引入，為后期利用在體生物發(fā)光成像系統(tǒng)鑒定、篩選轉(zhuǎn)基因小鼠奠定了基礎(chǔ)。2. NS3/4A轉(zhuǎn)基因小鼠建系，并與肝臟組成型表達(dá)rtTA的純合型Lap轉(zhuǎn)基因小鼠雜交，篩選調(diào)控表達(dá)報(bào)告基因Fluc的NS3/4A/Lap雙轉(zhuǎn)基因小鼠重組質(zhì)粒pBI--G//LoxP-FLuc-BGH PolyA-LoxP-NS3/4A經(jīng)酶切后，得到線性化的NS3/4A轉(zhuǎn)基因載體，經(jīng)受精卵顯微注射制備獲得了NS3/4A轉(zhuǎn)基因首建鼠。6只首建鼠經(jīng)PCR與Southern Blot鑒定后，與已穩(wěn)定建系的肝臟組成型表達(dá)rtTA的純合型Lap轉(zhuǎn)基因小鼠雜交。所有子代小鼠（F1）首先通過(guò)提取基因組DNA并經(jīng)PCR擴(kuò)增轉(zhuǎn)基因片段進(jìn)行基因型的鑒定，NS3/4A轉(zhuǎn)基因與Lap轉(zhuǎn)基因均陽(yáng)性的子代小鼠（F1）經(jīng)Dox持續(xù)誘導(dǎo)后通過(guò)在體生物發(fā)光成像系統(tǒng)（in vivo Bioluminescent Imaging，BLI）檢測(cè)FLuc的表達(dá)進(jìn)行表型的鑒定。生物發(fā)光信號(hào)強(qiáng)烈的小鼠即基因型與表型一致的NS3/4A/Lap雙轉(zhuǎn)基因小鼠（F1），再與純合型Lap轉(zhuǎn)基因小鼠雜交，所有子代小鼠（F2）經(jīng)PCR和BLI進(jìn)行鑒定和篩選基因型與表型一致的NS3/4A/Lap雙轉(zhuǎn)基因小鼠（F2）。同法反復(fù)雜交、篩選、建系，獲得了穩(wěn)定遺傳、高效表達(dá)FLuc的NS3/4A/Lap雙轉(zhuǎn)基因小鼠。Western Blot檢測(cè)結(jié)果顯示FLuc僅表達(dá)于經(jīng)誘導(dǎo)后的NS3/4A/Lap雙轉(zhuǎn)基因小鼠肝臟組織，具有良好的特異性和調(diào)控性，為下一步篩選嚴(yán)格調(diào)控表達(dá)NS3/A蛋白的三轉(zhuǎn)基因小鼠奠定了基礎(chǔ)。3.將穩(wěn)定建系的NS3/4A/Lap雙轉(zhuǎn)基因小鼠與已建立的Lap/LC-1雙轉(zhuǎn)基因小鼠雜交，篩選嚴(yán)格調(diào)控表達(dá)NS3/4A蛋白的NS3/4A/Lap/LC-1三轉(zhuǎn)基因小鼠選擇經(jīng)鑒定的NS3/4A/Lap雙轉(zhuǎn)基因小鼠與Tet-On系統(tǒng)調(diào)控下肝臟特異性表達(dá)Cre重組酶的Lap/LC-1雙轉(zhuǎn)基因小鼠交配，子代小鼠分別經(jīng)基因型鑒定（PCR）、表型鑒定（BLI）后篩選獲得NS3/4A/Lap/LC-1三轉(zhuǎn)基因小鼠。然后通過(guò)免疫組織化學(xué)染色及Western Blot檢測(cè)三轉(zhuǎn)基因小鼠體內(nèi)Cre重組酶、NS3/4A蛋白的表達(dá)。BLI結(jié)果顯示僅在Dox持續(xù)誘導(dǎo)后三轉(zhuǎn)基因小鼠肝臟部位檢測(cè)到強(qiáng)烈的生物發(fā)光信號(hào)，表明三轉(zhuǎn)基因小鼠肝細(xì)胞內(nèi)報(bào)告基因FLuc特異高效表達(dá)；免疫組化及Western Blot結(jié)果證實(shí)Cre重組酶、NS3/4A蛋白僅在經(jīng)Dox持續(xù)誘導(dǎo)后的三轉(zhuǎn)基因小鼠肝細(xì)胞特異性表達(dá)，與BLI鑒定結(jié)果一致。與Lap/NS3/4A雙轉(zhuǎn)基因小鼠在Dox持續(xù)誘導(dǎo)后肝臟僅特異性表達(dá)Fluc的情況不同的是，該三轉(zhuǎn)基因小鼠僅在Tet-On調(diào)控系統(tǒng)和Cre/LoxP基因敲除系統(tǒng)同時(shí)發(fā)揮作用時(shí)肝臟特異性表達(dá)NS3/4A蛋白，表明該三轉(zhuǎn)基因小鼠具有良好的特異性和調(diào)控性。綜上，本研究建立了Tet-On系統(tǒng)和Cre/LoxP系統(tǒng)雙重調(diào)控下表達(dá)HCVNS3/4A蛋白的三轉(zhuǎn)基因小鼠模型，為進(jìn)一步研究HCV NS3/4A蛋白與宿主相互作用的機(jī)制及抗NS3/4A絲氨酸蛋白酶特異性抑制劑的篩選和評(píng)價(jià)奠定了基礎(chǔ)。
齊燕姣[6]（2010）在《X染色體回文序列的對(duì)稱性和進(jìn)化分析》文中進(jìn)行了進(jìn)一步梳理“21世紀(jì)是生命科學(xué)的世紀(jì)”,隨著人類基因組計(jì)劃和許多模式生物的基因組序列測(cè)序的完成,大量的數(shù)據(jù)使得分子水平和整個(gè)生物信息系統(tǒng)的水平之間出現(xiàn)了一道鴻溝。應(yīng)用信息技術(shù)剖析生物現(xiàn)象的本質(zhì)成為了科學(xué)家們關(guān)注的焦點(diǎn)。通過(guò)對(duì)生物信息的計(jì)算處理,從而在分散的序列數(shù)據(jù)中獲得對(duì)生命運(yùn)行機(jī)制詳細(xì)而又系統(tǒng)的了解。尤其是生命體系中的對(duì)稱性引起了眾多生物學(xué)家的關(guān)注,挖掘這類特殊的結(jié)構(gòu)和功能是當(dāng)前生物學(xué)研究領(lǐng)域的一個(gè)重要課題。自從2003年報(bào)道了人類Y染色體上含有大量的具有旋轉(zhuǎn)對(duì)稱性的回文序列以來(lái),這類具有特異功能的序列引起了人們的極大興趣。與此同時(shí),對(duì)于另外一條性染色體上是否也含有長(zhǎng)的回文序列激發(fā)了人們的好奇心,如果有,那么這些X染色體回文序列與Y染色體上的有什么不同?幸運(yùn)的是,2004年科學(xué)家們發(fā)現(xiàn)人類X染色體上也含有大量的同源性很高的長(zhǎng)回文序列。但是這些回文序列也含有大量的男性特異基因,而不是女性特異基因。本文主要基于對(duì)X染色體上的回文序列的統(tǒng)計(jì)分析,進(jìn)而來(lái)了解其結(jié)構(gòu)特征；通過(guò)與其它靈長(zhǎng)類的對(duì)比來(lái)探索回文序列及其上基因的起源和進(jìn)化。本論文主要研究?jī)?nèi)容為如下幾個(gè)方面：1.通過(guò)對(duì)靈長(zhǎng)類X回文序列進(jìn)行分析,發(fā)現(xiàn)物種內(nèi)的突變都易發(fā)生在相似結(jié)構(gòu)的堿基之間。而堿基的缺失容易發(fā)生在簡(jiǎn)單重復(fù)區(qū)附近。這一類不對(duì)稱的突變數(shù)目在人類的X回文序列上最多。其次,這些突變?nèi)菀资艿较噜彽膲A基的影響而變成與之結(jié)構(gòu)相似的堿基。人類的回文序列上左右臂之間發(fā)生突變的數(shù)目最多,其次是黑猩猩、紅毛猩猩,最后是恒河猴。2.通過(guò)分析靈長(zhǎng)類X染色體上MAGE/CSAG-回文序列的點(diǎn)突變情況,發(fā)現(xiàn)序列間轉(zhuǎn)換的頻率比顛換的頻率要高的多,并且G/C→A/T的頻率與A/T→G/C的頻率也不相同,這說(shuō)明基因組的成分并不平衡。通過(guò)與紅毛猩猩相比,發(fā)現(xiàn)發(fā)生在人類回文序列兩個(gè)臂上的總體突變數(shù)目較小,但是對(duì)稱性卻低。然而人類的NXF2-回文序列的左臂和右臂的成分進(jìn)化基本上達(dá)到平衡。3.用DNA游走的方法看到人類和黑猩猩X回文序列的反向互補(bǔ)的結(jié)構(gòu)特點(diǎn),通過(guò)小波分析發(fā)現(xiàn)位于回文上的生物功能區(qū)具有與周圍序列不同的模式。最后,通過(guò)分析人類和大猩猩的X回文序列上的重復(fù)片段的的特殊分布,討論了它們之間的進(jìn)化關(guān)系。4.通過(guò)序列對(duì)比,發(fā)現(xiàn)靈長(zhǎng)類X染色體上的MAGEA/CSAG-回文序列上的大部分的突變都是對(duì)稱的。與人類和黑猩猩相比,紅毛猩猩的回文兩臂上發(fā)生的對(duì)稱性突變數(shù)目最多,使得其兩臂之間的對(duì)稱性最高。雖然回文兩臂上發(fā)生的突變大部分都是對(duì)稱的,但是這種對(duì)稱性突變?cè)斐苫匚谋墼诔煞值倪M(jìn)化上并不平衡。目前,對(duì)X回文序列的結(jié)構(gòu)和進(jìn)化的研究雖然取得了一些進(jìn)展,但是這仍然是一個(gè)生物學(xué)家們面臨挑戰(zhàn)。本工作對(duì)X染色體部分回文序列的統(tǒng)計(jì)特征和進(jìn)化關(guān)系的研究,為認(rèn)識(shí)回文序列的結(jié)構(gòu)特征和基因提供一些基礎(chǔ),并對(duì)回文序列的起源和進(jìn)化的了解提供一些新的思路和信息。
黃上洺[7]（2010）在《食蟹猴MHC I類A基因多態(tài)性的研究》文中提出主要組織相容性復(fù)合體（major histocompatibility complex, MHC）基因是由緊密連鎖的高度多態(tài)的基因位點(diǎn)組成的染色體上的基因群,這些基因表達(dá)產(chǎn)物是一類位于細(xì)胞表面的跨膜糖蛋白,稱為主要組織相容性抗原。這類抗原通過(guò)其抗原結(jié)合位點(diǎn)（antigen-binding site, ABS）識(shí)別外來(lái)多肽抗原,并將它們呈遞給T細(xì)胞,從而啟動(dòng)免疫應(yīng)答,保護(hù)自身免受感染。非人類靈長(zhǎng)類動(dòng)物是作為人類疾病研究的很好的模型,這是因?yàn)樗麄兣c人類有相似的免疫反應(yīng),并且對(duì)很多相同的病原體都有易感性。過(guò)去,恒河猴是在生物醫(yī)學(xué)研究中應(yīng)用最廣泛的動(dòng)物模型。而由于1978年印度出口禁令造成了恒河猴獲得的限制,于是研究者已經(jīng)轉(zhuǎn)向接近于恒河猴的物種作為活的科學(xué)模型,其中包括食蟹猴。食蟹猴作為研究感染性疾病的模型價(jià)值不斷提高。食蟹猴先前已用于結(jié)核病,伊波拉病毒和登革熱病毒的研究。他們更被廣泛應(yīng)用于免疫缺陷病毒（SIV）的發(fā)病機(jī)理和疫苗的研究。有研究發(fā)現(xiàn)MHC基因的差異性很大程度上影響了動(dòng)物實(shí)驗(yàn)結(jié)果的穩(wěn)定性、可靠性和可重復(fù)性。人類HLA和恒河猴MHC的研究相對(duì)比較多,然而食蟹猴MHC的研究相對(duì)有限。本課題以食蟹猴永生化A淋巴細(xì)胞系和新鮮血樣為實(shí)驗(yàn)材料,采用―特異引物PCR擴(kuò)增-克隆-測(cè)序‖的技術(shù)路線,在恒河猴MHC的UTR保守區(qū)域設(shè)計(jì)引物,擴(kuò)增出3000bp左右的MHC基因。從10只食蟹猴擴(kuò)增得到218條3000 bp左右MHC等位基因,其中選取11條出現(xiàn)頻率高的序列登陸Genbank。通過(guò)在Blast比對(duì)之后,證實(shí)有7個(gè)Mafa-A等位基因,4個(gè)Mafa-AG等位基因。由于每個(gè)個(gè)體可以檢測(cè)出多個(gè)不同的Mafa-A等位基因,這說(shuō)明食蟹猴Mafa-A基因經(jīng)過(guò)多次復(fù)制,并且推測(cè)Mafa-AG是Mafa-A衍生物。同時(shí),研究了等位基因在個(gè)體中的分布和系統(tǒng)進(jìn)化樹分析。利用Genscan和通過(guò)與恒河猴序列比對(duì)拼接MHC的八個(gè)外顯子,對(duì)其翻譯的氨基酸序列分析,闡明第二外顯子和第三外顯子的高度多態(tài)性。以GU215170以例,對(duì)食蟹猴MHC I類基因A基因座的蛋白質(zhì)進(jìn)行結(jié)構(gòu)分析,對(duì)其跨膜區(qū)預(yù)測(cè)信號(hào)肽,二級(jí)結(jié)構(gòu),三級(jí)結(jié)構(gòu)進(jìn)行預(yù)測(cè)。
劉振亞[8]（2006）在《鹽城灘涂開發(fā)的生態(tài)倫理研究》文中進(jìn)行了進(jìn)一步梳理濕地是我國(guó)重要的國(guó)土資源與自然資源，同時(shí)與森林、海洋一樣也具有多種功能。有“地球之腎”的美譽(yù)。隨著江蘇省制定的沿海灘涂開發(fā)計(jì)劃的實(shí)施，鹽城灘涂這塊未曾受污染和侵蝕的處女地上正在進(jìn)行轟轟烈烈的灘涂開發(fā)。鹽城沿海邊由于工業(yè)廢水與生活污水的大量排放，使許多灘涂濕地成了藏污納垢之地，已無(wú)水產(chǎn)資源可言。為了短期利益的人們，為了實(shí)現(xiàn)個(gè)體利益的最大化，開發(fā)主體，大肆開發(fā)灘涂，法西斯式地掠奪沿海灘涂資源，無(wú)視灘涂生態(tài)的存在，踐踏生態(tài)倫理規(guī)范，造成了灘涂部分物種的滅絕，灘涂自身生命受到影響，灘涂生態(tài)遭受破壞。為了更好的開發(fā)建設(shè)好鹽城灘涂，本論文對(duì)灘涂開發(fā)的生態(tài)倫理困境展開哲學(xué)反思，在對(duì)傳統(tǒng)的人類中心論、深層生態(tài)學(xué)理論和奈斯土地倫理理論進(jìn)行批判性思考的基礎(chǔ)上，對(duì)鹽城灘涂的自然價(jià)值和自然權(quán)利進(jìn)行全面深入的理論探討；并根據(jù)灘涂開發(fā)的實(shí)際，提出生態(tài)開發(fā)的主要道德規(guī)范：生態(tài)美德意識(shí)，遵循自然、尊重灘涂生命，善待自然、反對(duì)灘涂環(huán)境法西斯主義，以人為本，生態(tài)利用天然資源，確保灘涂物種優(yōu)先的規(guī)范等；本論文研究中探索出新的理論作為生態(tài)道德規(guī)范來(lái)指導(dǎo)灘涂開發(fā)實(shí)踐——現(xiàn)代生態(tài)人類中心論。在堅(jiān)持實(shí)證分析、專題研究、實(shí)驗(yàn)證明的基礎(chǔ)上本論文對(duì)灘涂的實(shí)現(xiàn)環(huán)境生態(tài)的實(shí)踐途徑，在理論上有特破和創(chuàng)新。指出加強(qiáng)公眾的生態(tài)道德教育，培養(yǎng)公眾的深層生態(tài)意識(shí)，培養(yǎng)灘涂建設(shè)的“生態(tài)人”是灘涂開發(fā)生態(tài)倫理實(shí)現(xiàn)的前提；建立資源開發(fā)利用與生態(tài)補(bǔ)償相結(jié)合的生態(tài)原則、建立灘涂經(jīng)濟(jì)價(jià)值與灘涂生態(tài)環(huán)境保護(hù)統(tǒng)一原則是灘涂開發(fā)生態(tài)倫理實(shí)現(xiàn)的有效保障。堅(jiān)持現(xiàn)代生態(tài)人類中心論，才能夠追求建立灘涂經(jīng)濟(jì)發(fā)展、環(huán)境保護(hù)、代內(nèi)、代際公正與穩(wěn)定的灘涂新秩序，才能夠建立動(dòng)態(tài)和諧的鹽城灘涂，實(shí)現(xiàn)灘涂的可持續(xù)發(fā)展。
余謀昌[9]（2000）在《環(huán)境倫理學(xué)從分立走向整合》文中指出環(huán)境倫理學(xué)問(wèn)題是目前國(guó)內(nèi)外學(xué)術(shù)界及其它各界普遍關(guān)注的問(wèn)題。作者在掌握大量資料以及研究成果的基礎(chǔ)上,圍繞現(xiàn)代人類中心論環(huán)境倫理和生態(tài)中心論環(huán)境倫理進(jìn)行了論述,闡述了環(huán)境倫理學(xué)從分立走向整合的發(fā)展規(guī)律。
二、人和黑猩猩遺傳信息差別?。ㄕ撐拈_題報(bào)告）
（1）論文研究背景及目的
此處內(nèi)容要求：
首先簡(jiǎn)單簡(jiǎn)介論文所研究問(wèn)題的基本概念和背景，再而簡(jiǎn)單明了地指出論文所要研究解決的具體問(wèn)題，并提出你的論文準(zhǔn)備的觀點(diǎn)或解決方法。
寫法范例：
本文主要提出一款精簡(jiǎn)64位RISC處理器存儲(chǔ)管理單元結(jié)構(gòu)并詳細(xì)分析其設(shè)計(jì)過(guò)程。在該MMU結(jié)構(gòu)中,TLB采用叁個(gè)分離的TLB,TLB采用基于內(nèi)容查找的相聯(lián)存儲(chǔ)器并行查找,支持粗粒度為64KB和細(xì)粒度為4KB兩種頁(yè)面大小,采用多級(jí)分層頁(yè)表結(jié)構(gòu)映射地址空間,并詳細(xì)論述了四級(jí)頁(yè)表轉(zhuǎn)換過(guò)程,TLB結(jié)構(gòu)組織等。該MMU結(jié)構(gòu)將作為該處理器存儲(chǔ)系統(tǒng)實(shí)現(xiàn)的一個(gè)重要組成部分。
（2）本文研究方法
調(diào)查法：該方法是有目的、有系統(tǒng)的搜集有關(guān)研究對(duì)象的具體信息。
觀察法：用自己的感官和輔助工具直接觀察研究對(duì)象從而得到有關(guān)信息。
實(shí)驗(yàn)法：通過(guò)主支變革、控制研究對(duì)象來(lái)發(fā)現(xiàn)與確認(rèn)事物間的因果關(guān)系。
文獻(xiàn)研究法：通過(guò)調(diào)查文獻(xiàn)來(lái)獲得資料，從而全面的、正確的了解掌握研究方法。
實(shí)證研究法：依據(jù)現(xiàn)有的科學(xué)理論和實(shí)踐的需要提出設(shè)計(jì)。
定性分析法：對(duì)研究對(duì)象進(jìn)行“質(zhì)”的方面的研究，這個(gè)方法需要計(jì)算的數(shù)據(jù)較少。
定量分析法：通過(guò)具體的數(shù)字，使人們對(duì)研究對(duì)象的認(rèn)識(shí)進(jìn)一步精確化。
跨學(xué)科研究法：運(yùn)用多學(xué)科的理論、方法和成果從整體上對(duì)某一課題進(jìn)行研究。
功能分析法：這是社會(huì)科學(xué)用來(lái)分析社會(huì)現(xiàn)象的一種方法，從某一功能出發(fā)研究多個(gè)方面的影響。
模擬法：通過(guò)創(chuàng)設(shè)一個(gè)與原型相似的模型來(lái)間接研究原型某種特性的一種形容方法。
三、人和黑猩猩遺傳信息差別?。ㄕ撐奶峋V范文）
（1）基于位置權(quán)重矩陣的長(zhǎng)非編碼RNA預(yù)測(cè)方法研究（論文提綱范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 緒論 |
| 1.1 研究背景和意義 |
| 1.2 國(guó)內(nèi)外研究現(xiàn)狀 |
| 1.2.1 生物信息學(xué)研究現(xiàn)狀 |
| 1.2.2 長(zhǎng)非編碼RNA研究現(xiàn)狀 |
| 1.3 研究?jī)?nèi)容與創(chuàng)新點(diǎn) |
| 1.4 論文結(jié)構(gòu)安排 |
| 第2章 相關(guān)理論與基礎(chǔ) |
| 2.1 機(jī)器學(xué)習(xí)相關(guān)理論 |
| 2.1.1 支持向量機(jī) |
| 2.1.2 隨機(jī)森林 |
| 2.1.3 BP神經(jīng)網(wǎng)絡(luò) |
| 2.2 長(zhǎng)非編碼RNA基礎(chǔ) |
| 2.2.1 長(zhǎng)非編碼RNA的來(lái)源 |
| 2.2.2 長(zhǎng)非編碼RNA的類別 |
| 2.2.3 長(zhǎng)非編碼RNA的功能 |
| 2.3 相關(guān)數(shù)據(jù)資源 |
| 2.4 本章小結(jié) |
| 第3章 長(zhǎng)非編碼RNA特征提取 |
| 3.1 任務(wù)概述 |
| 3.2 特征提取 |
| 3.2.1 開放閱讀框 |
| 3.2.2 聚合體得分 |
| 3.2.3 Fickett特征 |
| 3.2.4 位置權(quán)重矩陣 |
| 3.2.5 k-mer特征 |
| 3.3 特征選擇 |
| 3.3.1 特征選擇方法 |
| 3.3.2 特征選擇過(guò)程 |
| 3.4 本章小結(jié) |
| 第4章 長(zhǎng)非編碼RNA預(yù)測(cè)方法 |
| 4.1 數(shù)據(jù)集選取 |
| 4.2 預(yù)測(cè)模型和參數(shù)設(shè)置 |
| 4.2.1 預(yù)測(cè)模型介紹 |
| 4.2.2 k折交叉驗(yàn)證 |
| 4.2.3 參數(shù)設(shè)置 |
| 4.3 評(píng)價(jià)指標(biāo) |
| 4.4 實(shí)驗(yàn)結(jié)果與分析 |
| 4.4.1 長(zhǎng)非編碼RNA預(yù)測(cè)方法的分類器選擇 |
| 4.4.2 位置權(quán)重矩陣對(duì)預(yù)測(cè)方法的影響 |
| 4.4.3 長(zhǎng)非編碼RNA預(yù)測(cè)方法性能對(duì)比 |
| 4.4.4 跨物種實(shí)驗(yàn)分析 |
| 4.5 本章小結(jié) |
| 第5章 總結(jié)和展望 |
| 5.1 論文總結(jié) |
| 5.2 工作展望 |
| 參考文獻(xiàn) |
| 致謝 |
| 碩士期間發(fā)表的論文 |
（2）彼得·辛格的動(dòng)物解放論探析（論文提綱范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 導(dǎo)論 |
| 1.1 彼得·辛格簡(jiǎn)介 |
| 1.2 選題意義 |
| 1.3 國(guó)內(nèi)外研究現(xiàn)狀述評(píng) |
| 1.4 本論文采用的研究方法 |
| 第2章 彼得·辛格動(dòng)物解放論的形成 |
| 2.1 彼得·辛格動(dòng)物解放論形成的時(shí)代背景 |
| 2.2 彼得·辛格動(dòng)物解放論形成的理論背景 |
| 第3章 彼得·辛格動(dòng)物解放論的主要內(nèi)容 |
| 3.1 動(dòng)物解放論的理論前提 |
| 3.2 動(dòng)物解放論的兩大原則 |
| 3.2.1 混合型功利主義原則 |
| 3.2.2 雙因素平等主義原則（即利益平等考慮原則） |
| 3.3 動(dòng)物解放論的延展：素食主義 |
| 3.3.1 倡導(dǎo)素食主義的動(dòng)因 |
| 3.3.2 素食主義的實(shí)踐方式 |
| 第4章 彼得·辛格動(dòng)物解放論與動(dòng)物福利論、動(dòng)物權(quán)利論的比較 |
| 4.1 與動(dòng)物福利論的比較 |
| 4.2 與動(dòng)物權(quán)利論的比較 |
| 4.2.1 與強(qiáng)式動(dòng)物權(quán)利論的比較 |
| 4.2.2 與弱式動(dòng)物權(quán)利論的比較 |
| 第5章 對(duì)彼得·辛格動(dòng)物解放論的評(píng)價(jià) |
| 5.1 彼得·辛格動(dòng)物解放論的理論貢獻(xiàn) |
| 5.2 彼得·辛格動(dòng)物解放論的理論局限 |
| 5.3 彼得·辛格動(dòng)物解放論的現(xiàn)實(shí)影響 |
| 5.4 彼得·辛格動(dòng)物解放論的當(dāng)代啟示 |
| 結(jié)束語(yǔ) |
| 主要參考文獻(xiàn) |
| 個(gè)人簡(jiǎn)歷和攻讀碩士學(xué)位期間的主要學(xué)術(shù)成果 |
| 后記 |
（3）機(jī)器學(xué)習(xí)方法在生物信息學(xué)中的應(yīng)用（論文提綱范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 1 緒論 |
| 1.1 生物信息學(xué)的發(fā)展歷史 |
| 1.2 基于機(jī)器學(xué)習(xí)的生物信息學(xué) |
| 1.3 分子生物學(xué)基礎(chǔ)知識(shí) |
| 1.3.1 核酸 |
| 1.3.2 蛋白質(zhì) |
| 1.3.3 中心法則和遺傳密碼 |
| 1.3.4 氨基酸替換矩陣及理化性質(zhì) |
| 1.4 生物信息學(xué)的主要研究?jī)?nèi)容 |
| 1.4.1 序列比較 |
| 1.4.2 系統(tǒng)發(fā)育分析 |
| 1.4.3 聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng) |
| 1.5 本文的主要工作 |
| 2 DNA 序列的一種非退化圖形表示及其在系統(tǒng)發(fā)生分析中的應(yīng)用 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 DNA 序列的 3-D 圖形表示 |
| 2.3 DNA 序列的數(shù)值刻畫 |
| 2.4 應(yīng)用 |
| 2.5 小結(jié) |
| 3 基于 K 字和粗糙集理論 DNA 序列的系統(tǒng)發(fā)生分析 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 完全字向量表示 |
| 3.3 基于粗糙集理論的特征選擇方案 |
| 3.4 應(yīng)用 |
| 3.4.1 訓(xùn)練階段 |
| 3.4.2 測(cè)試階段 |
| 3.5 小結(jié) |
| 4 基于模板 DNA 的 PCR 擴(kuò)增難易預(yù)測(cè) |
| 4.1 引言 |
| 4.2 實(shí)驗(yàn)與數(shù)據(jù) |
| 4.3 模板序列的數(shù)值刻畫 |
| 4.4 支持向量機(jī) |
| 4.5 敏感度、特異性和準(zhǔn)確度的定義 |
| 4.6 應(yīng)用 |
| 4.7 小結(jié) |
| 5 凋亡蛋白亞細(xì)胞定位的預(yù)測(cè) |
| 5.1 引言 |
| 5.2 數(shù)據(jù)來(lái)源 |
| 5.3 蛋白質(zhì)序列的特征向量 |
| 5.3.1 派生序列 |
| 5.3.2 基于頻率及其位置的特征 |
| 5.3.3 基于氨基酸替換矩陣的特征 |
| 5.4 最近鄰分類器 |
| 5.5 應(yīng)用 |
| 5.6 小結(jié) |
| 參考文獻(xiàn) |
| 攻讀碩士學(xué)位期間的學(xué)術(shù)成果 |
| 致謝 |
（4）雙胚苗水稻同源多倍體基因表達(dá)和DNA甲基化的研究（論文提綱范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一部分 文獻(xiàn)綜述 |
| 1 植物多倍化的研究 |
| 1.1 植物多倍體及其生物學(xué)意義 |
| 1.2 植物多倍化中的表型變異 |
| 1.3 多倍化與基因表達(dá) |
| 2 表觀遺傳學(xué)研究進(jìn)展 |
| 2.1 表觀遺傳學(xué)的定義 |
| 2.2 DNA甲基化的研究進(jìn)展 |
| 2.2.1 植物中的DNA甲基化 |
| 2.2.2 DNA甲基化對(duì)基因表達(dá)的調(diào)控 |
| 2.2.3 DNA甲基化的研究方法 |
| 3 植物多倍化過(guò)程中DNA甲基化與基因表達(dá)的研究 |
| 3.1 多倍化誘導(dǎo)DNA甲基化變異 |
| 3.2 多倍體中DNA甲基化水平與基因表達(dá)模式相關(guān) |
| 3.3 水稻同源多倍化過(guò)程中的DNA甲基化與基因表達(dá) |
| 4 本研究的目的與意義 |
| 第二部分 材料和方法 |
| 1. 實(shí)驗(yàn)材料 |
| 1.1 水稻品種 |
| 1.2 重要的試劑和儀器 |
| 1.2.1 試劑 |
| 1.2.2 儀器 |
| 2. 實(shí)驗(yàn)方法 |
| 2.1 提取DNA、RNA的樣品準(zhǔn)備 |
| 2.2 倍性鑒定 |
| 2.2.1 觀察植株形態(tài)及種子形態(tài)大小 |
| 2.2.2 根尖染色體鑒定 |
| 2.3 總DNA提取及SSR分子標(biāo)記分析 |
| 2.3.1 葉片總DNA提取及純度檢驗(yàn) |
| 2.3.2 SSR擴(kuò)增及電泳檢測(cè) |
| 2.4 甲基化胞嘧啶免疫共沉淀測(cè)序(MeDIP-SEQ) |
| 2.4.1 MeDIP-SEQ |
| 2.4.2 MeDIP-SEQ后數(shù)據(jù)分析 |
| 2.5 總RNA的提取及RT-PCR |
| 2.5.1 葉片總RNA的提取及純化 |
| 2.5.2 反轉(zhuǎn)錄步驟及RT-PCR |
| 2.6 實(shí)時(shí)定量PCR |
| 2.7 甲基化特異性PCR及測(cè)序 |
| 2.7.1 DNA提取及純化 |
| 2.7.2 亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化 |
| 2.7.3 甲基化特異性PCR擴(kuò)增 |
| 2.7.4 基因組DNA上BSP擴(kuò)增片段的擴(kuò)增 |
| 2.7.5 PCR產(chǎn)物的克隆測(cè)序 |
| 2.7.6 測(cè)序結(jié)果比對(duì)及分析 |
| 第三部分 結(jié)果與分析 |
| 1 雙胚苗水稻N-2N-3N的材料鑒定 |
| 1.1 材料倍性鑒定 |
| 1.2 材料遺傳背景的同源性分析 |
| 2 N-2 N-3N的DNA甲基化圖譜分析 |
| 2.1 N-2N-3N中甲基化率的對(duì)比 |
| 2.2 不同基因區(qū)域上DNA甲基化分布 |
| 2.3 DNA甲基化在染色體上的分布特征 |
| 2.3.1 TE和non-TE中的DNA甲基化分布 |
| 2.3.2 Repeat和non-Repeat上的DNA甲基化分布 |
| 2.3.3 CG島上的DNA甲基化分布 |
| 2.4 N-2N-3N的DNA甲基化變異比較 |
| 2.5 DNA甲基化變異的功能分析 |
| 2.6 MeDIP-SEQ結(jié)果的實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證 |
| 3 倍性水稻DNA甲基化和基因表達(dá)的關(guān)聯(lián)分析 |
| 3.1 MeDIP-SEQ和DGE的數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)分析 |
| 3.2 N-2N-3N中mRNA表達(dá)和DNA甲基化分析 |
| 3.3 不同甲基化修飾類型對(duì)mRNA表達(dá)的影響 |
| 3.4 mRNA表達(dá)差異基因的甲基化水平分析 |
| 3.5 mRNA表達(dá)與DNA甲叢化的驗(yàn)證 |
| 3.5.1 Q-PCR檢測(cè)基因表達(dá)情況 |
| 3.5.2 BSP-SEQ檢測(cè)啟動(dòng)子區(qū)DNA甲基化分布 |
| 3.5.3 LOC_Os01g59320的基因表達(dá)與啟動(dòng)子區(qū)DNA甲基化 |
| 第四部分 討論 |
| 1 實(shí)驗(yàn)材料的特色與優(yōu)勢(shì) |
| 2 水稻N-2 N-3N的基因表達(dá)及DNA甲基化 |
| 2.1 水稻N-2N-3N的基因表達(dá) |
| 2.2 水稻N-2N-3N的DNA甲基化 |
| 2.3 影響倍性水稻DNA甲基化與基因表達(dá)的因素 |
| 3 小結(jié)與展望 |
| 參考文獻(xiàn) |
| 致謝 |
| 附圖 |
（5）嚴(yán)格調(diào)控表達(dá)HCVNS3/4A蛋白三轉(zhuǎn)基因小鼠的建立（論文提綱范文）
| 縮略語(yǔ)表 |
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 文獻(xiàn)回顧 |
| 一、HCV 細(xì)胞模型的建立及其在病毒復(fù)制周期機(jī)制研究與抗病毒藥物開發(fā)中的應(yīng)用 |
| 二、HCV 實(shí)驗(yàn)動(dòng)物模型的開發(fā)與應(yīng)用 |
| 三、HCV NS3/4A 蛋白結(jié)構(gòu)與功能及與宿主蛋白相互作用的研究進(jìn)展 |
| 四、在體光學(xué)成像技術(shù)及其應(yīng)用 |
| 第一部分 構(gòu)建 Tet-On 和 Cre/LoxP 系統(tǒng)雙重調(diào)控表達(dá) HCV NS3/4A 蛋白的真核表達(dá)載體 |
| 1.材料 |
| 2.方法 |
| 3.結(jié)果 |
| 4.討論 |
| 第二部分 NS3/4A 轉(zhuǎn)基因小鼠建系和篩選調(diào)控表達(dá) Fluc 的 NS3/4A/Lap 雙轉(zhuǎn)基因小鼠 |
| 1.材料 |
| 2.方法 |
| 3.結(jié)果 |
| 4.討論 |
| 第三部分 篩選嚴(yán)格調(diào)控表達(dá) NS3/4A 蛋白的 NS3/4A/Lap/LC-1 三轉(zhuǎn)基因小鼠 |
| 1.材料 |
| 2.方法 |
| 3.結(jié)果 |
| 4.討論 |
| 小結(jié) |
| 參考文獻(xiàn) |
| 個(gè)人簡(jiǎn)歷和研究成果 |
| 附錄 |
| 致謝 |
（6）X染色體回文序列的對(duì)稱性和進(jìn)化分析（論文提綱范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 緒論 |
| 1 生物信息學(xué) |
| 1.1 什么是生物信息學(xué) |
| 1.2 生物信息學(xué)與人類基因組計(jì)劃 |
| 2 生物信息學(xué)相關(guān)理論簡(jiǎn)介 |
| 2.1 核酸序列分析 |
| 2.2 分子進(jìn)化分析 |
| 3 生物信息學(xué)平臺(tái)和軟件 |
| 3.1 生物信息學(xué)平臺(tái) |
| 3.2 生物信息學(xué)工具軟件 |
| 參考文獻(xiàn) |
| 第二章 預(yù)備知識(shí) |
| 1 分子生物學(xué)基礎(chǔ)知識(shí) |
| 1.1 核酸(nucleic acid)的定義 |
| 1.2 核酸的組成 |
| 1.3 核酸的結(jié)構(gòu) |
| 1.5 基因 |
| 1.6 重組 |
| 1.7 基因突變 |
| 1.8 CpG島 |
| 2 重復(fù)序列 |
| 3 小波分析基礎(chǔ) |
| 4 人類X染色體回文序列 |
| 5 本文研究計(jì)劃 |
| 參考文獻(xiàn) |
| 第三章 X染色體回文序列對(duì)稱性分析 |
| 1 引言 |
| 2 材料和方法 |
| 3 結(jié)果分析 |
| 3.1 回文序列基本情況 |
| 3.2 回文序列突變情況 |
| 3.3 相鄰堿基對(duì)突變的影響 |
| 4 結(jié)束語(yǔ) |
| 參考文獻(xiàn) |
| 第四章 人類和黑猩猩X染色體回文序列的 |
| 1 引言 |
| 2 材料和方法 |
| 3 結(jié)論 |
| 3.1 X-回文序列GC含量分布曲線 |
| 3.2 X回文序列在進(jìn)化過(guò)程中的突變不對(duì)稱性 |
| 3.3 突變模式與序列成分的進(jìn)化 |
| 4 討論 |
| 參考文獻(xiàn) |
| 第五章 X染色體回文序列的DNA游走分析 |
| 1 引言 |
| 2 材料和方法 |
| 3 結(jié)論 |
| 3.1 DNA游走模式 |
| 3.2 回文序列中的長(zhǎng)程關(guān)聯(lián)性的生物意義 |
| 3.3 小波分析回文序列的DNA游走 |
| 4 由人類和黑猩猩回文序列推斷出的系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系 |
| 5 討論 |
| 參考文獻(xiàn) |
| 第六章 MAGEA/CSAG-回文序列的對(duì)稱性突變與基因進(jìn)化關(guān)系研究 |
| 1 引言 |
| 2 材料和方法 |
| 3 結(jié)果分析 |
| 3.1 回文的基本狀況 |
| 3.2 序列之間的相似性 |
| 3.3 對(duì)稱性突變與基因進(jìn)化 |
| 3.4 回文序列的對(duì)稱性突變譜 |
| 4 討論 |
| 參考文獻(xiàn) |
| 第七章 結(jié)束語(yǔ) |
| 博士在讀期間發(fā)表和待發(fā)表的論文 |
| 致謝 |
| 附錄 |
| 1 物種間回文序列的邊界比較 |
| 1.1 人類回文序列(h-XP)與黑猩猩回文序列(c-XP)的外邊界1比對(duì)(CLUSTAL2.0.7 multiple sequence alignment) |
| 1.2 人類回文序列(h-XP)與黑猩猩回文序列(c-XP)的外邊界2比對(duì) |
| 1.3 人類回文序列(h-XP)與黑猩猩回文序列(c-XP)的內(nèi)邊界1比對(duì) |
| 1.4 人類回文序列(h-XP)與黑猩猩回文序列(c-XP)的內(nèi)邊界2比對(duì) |
| 2 Matlab程序源碼 |
| 3 NXF2-回文序列上的高/低GC區(qū) |
（7）食蟹猴MHC I類A基因多態(tài)性的研究（論文提綱范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 緒論 |
| 1.1 主要組織相容性復(fù)合體(MHC)基因的研究概況 |
| 1.2 MHC 分子結(jié)構(gòu)特征 |
| 1.3 MHC 的遺傳學(xué)特征 |
| 1.3.1 單元型遺傳方式 |
| 1.3.2 連鎖不平衡 |
| 1.3.3 多態(tài)性現(xiàn)象 |
| 1.4 MHC 分子的功能 |
| 1.4.1 免疫反應(yīng) |
| 1.4.2 組織排異作用 |
| 1.5 MHC 的應(yīng)用 |
| 1.5.1 分子標(biāo)記 |
| 1.5.2 種群遺傳結(jié)構(gòu)分析 |
| 1.5.3 種群關(guān)系和進(jìn)化歷史 |
| 1.5.4 種群繁殖應(yīng)用 |
| 1.6 靈長(zhǎng)類MHCⅠ類基因總體研究 |
| 1.6.1 MHCⅠ類A 位點(diǎn)在靈長(zhǎng)類中 |
| 1.6.2 MHCⅠ類B 位點(diǎn)在靈長(zhǎng)類中 |
| 1.6.3 MHCⅠ類C 位點(diǎn)在靈長(zhǎng)類中 |
| 1.7 食蟹猴MHC 的研究 |
| 1.7.1 食蟹猴簡(jiǎn)介 |
| 1.7.2 食蟹猴MHC 研究進(jìn)展 |
| 1.8 本研究的目的及意義 |
| 1.9 本課題主要研究?jī)?nèi)容 |
| 第二章 食蟹猴MHC I 類A 基因的提取 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 材料 |
| 2.2.1 研究對(duì)象 |
| 2.2.2 主要試劑及試劑盒 |
| 2.2.3 實(shí)驗(yàn)主要儀器 |
| 2.3 實(shí)驗(yàn)方法 |
| 2.3.1 引物設(shè)計(jì)思路 |
| 2.3.2 食蟹猴血液DNA 的提取 |
| 2.3.3 PCR 反應(yīng)體系 |
| 2.3.4 PCR 程序 |
| 2.3.5 PCR 產(chǎn)物的純化 |
| 2.3.6 感受態(tài)細(xì)胞的制備 |
| 2.3.7 DNA 片段的連接與轉(zhuǎn)化 |
| 2.3.8 pMD~(TM)20-T 載體的介紹 |
| 2.3.9 轉(zhuǎn)化子的篩選、鑒定與擴(kuò)大培養(yǎng) |
| 2.3.10 質(zhì)粒的提取 |
| 2.3.11 質(zhì)粒酶切鑒定 |
| 2.4 結(jié)果 |
| 2.4.1 引物設(shè)計(jì)結(jié)果 |
| 2.4.2 JOBCL 細(xì)胞系培養(yǎng) |
| 2.4.3 基因組DNA 的提取及檢測(cè) |
| 2.4.4 Mafa-A 基因的PCR 擴(kuò)增 |
| 2.4.5 MHC-A 基因的克隆與檢測(cè) |
| 2.5 實(shí)驗(yàn)技術(shù)討論和改進(jìn) |
| 2.5.1 克隆Mafa-A 基因討論和改進(jìn) |
| 2.5.2 TDPCR 的改進(jìn) |
| 2.5.3 克隆測(cè)序的必要性 |
| 2.5.4 DNA 連接討論和改進(jìn) |
| 2.5.5 陽(yáng)性克隆子檢測(cè)討論和改進(jìn) |
| 2.5.6 質(zhì)粒DNA 的提取方法的討論 |
| 本章小結(jié) |
| 第三章 食蟹猴MHC I 類A 等位基因多態(tài)性分析 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 材料 |
| 3.3 方法 |
| 3.3.1 數(shù)據(jù)來(lái)源 |
| 3.3.2 序列分析軟件 |
| 3.3.3 等位基因的命名 |
| 3.4 結(jié)果和討論 |
| 3.4.1 DNA 測(cè)序結(jié)果分析 |
| 3.4.2 外顯子位置的確定 |
| 3.4.3 等位基因和個(gè)體分布 |
| 3.4.4 外顯子預(yù)測(cè) |
| 3.4.5 外顯子2 和外顯子3 多態(tài)性位點(diǎn)分析 |
| 3.4.6 系統(tǒng)進(jìn)化樹的構(gòu)建 |
| 3.4.7 新序列外顯子拼接結(jié)果 |
| 3.4.8 Mafa-A 基因、Mamu-A 基因及HLA-A 基因系統(tǒng)進(jìn)化分析 |
| 本章小結(jié) |
| 第四章 食蟹猴MHC I 類A 蛋白質(zhì)分析 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 材料 |
| 4.3 方法 |
| 4.4 結(jié)果和討論 |
| 4.4.1 Mafa-A 氨基酸ClustalX 的多序列比對(duì)熵圖分析 |
| 4.4.2 蛋白質(zhì)序列分析 |
| 4.4.3 蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè) |
| 4.4.4 蛋白三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè) |
| 本章小結(jié) |
| 總結(jié) |
| 參考文獻(xiàn) |
| 攻讀碩士學(xué)位期間取得的研究成果 |
| 致謝 |
（8）鹽城灘涂開發(fā)的生態(tài)倫理研究（論文提綱范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 前言 |
| 第一章 鹽城灘涂開發(fā)的生態(tài)倫理困境和反思 |
| 第一節(jié) 鹽城灘涂的生態(tài)現(xiàn)狀 |
| 一、鹽城沿海灘涂的形成與演變 |
| 二、鹽城灘涂資源的生態(tài)特點(diǎn) |
| 第二節(jié) 鹽城灘涂開發(fā)的生態(tài)倫理困境 |
| 一、鹽城灘涂開發(fā)的功利趨向 |
| 二、生態(tài)和倫理的困境 |
| 三、鹽城灘涂開發(fā)環(huán)境政策的困境 |
| 第二章 生態(tài)倫理學(xué)基本理論的批判性思考 |
| 第一節(jié) 辛格的反人類中心論 |
| 一、“一切動(dòng)物皆平等” |
| 二、問(wèn)題和思考 |
| 第二節(jié) 深層生態(tài)學(xué)理論批判 |
| 一、奈斯深層生態(tài)學(xué)理論 |
| 二、萊奧波德土地倫理理論 |
| 三、萬(wàn)物真的皆平等嗎 |
| 第三節(jié) 從傳統(tǒng)人類中心論到現(xiàn)代生態(tài)人類中心論 |
| 一、傳統(tǒng)人類中心論的問(wèn)題 |
| 二、現(xiàn)代生態(tài)人類中心論的基本思想 |
| 第三章 鹽城灘涂開發(fā)的主要生態(tài)道德規(guī)范 |
| 第一節(jié) 尊重灘涂生命確保物種生態(tài)平衡的規(guī)范 |
| 一、遵循自然、尊重灘涂生命 |
| 二、以人為本，生態(tài)利用天然資源，確保灘涂物種優(yōu)先 |
| 第二節(jié) 保持灘涂生態(tài)平衡樹立生態(tài)開發(fā)的規(guī)范 |
| 一、節(jié)約、保護(hù)灘涂自然資源，樹立綠色生態(tài)開發(fā)的理念 |
| 二、善待灘涂，保持灘涂生態(tài)平衡 |
| 第三節(jié) 踐行灘涂生態(tài)美德倫理規(guī)范 |
| 一、亞里斯多德生態(tài)美德意識(shí)的確立 |
| 二、生態(tài)美德意識(shí)的踐行 |
| 第四章 鹽城灘涂實(shí)現(xiàn)生態(tài)開發(fā)的主要途徑 |
| 第一節(jié) 探索新型全民的生態(tài)道德教育途徑 |
| 一、加強(qiáng)生態(tài)道德教育，培養(yǎng)深層生態(tài)意識(shí) |
| 二、探索生態(tài)道德教育的途徑，培養(yǎng)灘涂建設(shè)的“生態(tài)人” |
| 三、探討生態(tài)道德教育的形式，實(shí)現(xiàn)灘涂生態(tài)教育的良好效果 |
| 第二節(jié) 探索資源開發(fā)利用與生態(tài)補(bǔ)償相結(jié)合的生態(tài)途徑 |
| 一、灘涂資源開發(fā)的生態(tài)途徑 |
| 二、探索灘涂開發(fā)中的生態(tài)補(bǔ)償途徑 |
| 第三節(jié) 探討灘涂經(jīng)濟(jì)價(jià)值與灘涂生態(tài)環(huán)境保護(hù)統(tǒng)一的生態(tài)途徑 |
| 一、灘涂經(jīng)濟(jì)價(jià)值的理性認(rèn)識(shí) |
| 二、確立灘涂生態(tài)保護(hù)的理性行動(dòng)，建設(shè)綠色灘涂 |
| 后記 |
（9）環(huán)境倫理學(xué)從分立走向整合（論文提綱范文）
| 一、現(xiàn)代人類中心論環(huán)境倫理 |
| 1. 人類評(píng)價(jià)自身的利益高于其他非人類事物,這是自然的。 |
| 2. 人具有特殊的文化、知識(shí)和創(chuàng)造能力,這只表示人對(duì)自然肩負(fù)更大的責(zé)任。 |
| 3. 完善人類中心主義,需要揭示自然事物的內(nèi)在價(jià)值。 |
| 4. 信仰人類的偉大潛力。 |
| 二、生物中心主義環(huán)境倫理理論 |
| 1.“所有動(dòng)物都是平等的”,平等的基本原則是“關(guān)心的平等” |
| 2. 承認(rèn)人的權(quán)利和動(dòng)物的權(quán)利是有差別的 |
| 3. 新倫理學(xué)注重實(shí)踐 |
| 三、生態(tài)中心論環(huán)境倫理理論 |
四、人和黑猩猩遺傳信息差別?。ㄕ撐膮⒖嘉墨I(xiàn)）
- [1]基于位置權(quán)重矩陣的長(zhǎng)非編碼RNA預(yù)測(cè)方法研究[D]. 馬立. 西南大學(xué), 2018(01)
- [2]彼得·辛格的動(dòng)物解放論探析[D]. 胡曦. 中共廣東省委黨校, 2017(02)
- [3]機(jī)器學(xué)習(xí)方法在生物信息學(xué)中的應(yīng)用[D]. 楊閆. 渤海大學(xué), 2014(09)
- [4]雙胚苗水稻同源多倍體基因表達(dá)和DNA甲基化的研究[D]. 曾秀鳳. 四川農(nóng)業(yè)大學(xué), 2012(06)
- [5]嚴(yán)格調(diào)控表達(dá)HCVNS3/4A蛋白三轉(zhuǎn)基因小鼠的建立[D]. 蘭海云. 第四軍醫(yī)大學(xué), 2012(02)
- [6]X染色體回文序列的對(duì)稱性和進(jìn)化分析[D]. 齊燕姣. 蘭州大學(xué), 2010(10)
- [7]食蟹猴MHC I類A基因多態(tài)性的研究[D]. 黃上洺. 華南理工大學(xué), 2010(03)
- [8]鹽城灘涂開發(fā)的生態(tài)倫理研究[D]. 劉振亞. 南京師范大學(xué), 2006(05)
- [9]環(huán)境倫理學(xué)從分立走向整合[J]. 余謀昌. 北京化工大學(xué)學(xué)報(bào)(社會(huì)科學(xué)版), 2000(02)
標(biāo)簽：遺傳信息論文; 轉(zhuǎn)基因植物論文; 甲基化論文; 基因合成論文; 基因結(jié)構(gòu)論文;